您好，关于“离职证明是否会放到档案里”这个问题，我可以为您详细解答。
首先，离职证明本身并不一定会直接放入个人档案中，但这并不意味着它不重要。离职证明是员工与原单位解除劳动关系的正式文件，对于新单位了解您的职业背景和工作经历是非常重要的。
在实际操作中，是否将离职证明放入档案，往往取决于新单位的要求以及档案管理服务的具体规定。有些新单位在入职时，会要求您提供上一家单位的离职证明，以确认您的工作经历和离职状态。这种情况下，离职证明可能会被新单位作为入职材料的一部分进行存档。
另外，如果您将档案存放在流动人员人事档案管理服务机构，这些机构在接收档案时，也可能会根据相关规定或您的要求，将离职证明等关键材料一并存入档案中。但这不是一个固定的流程，而是根据具体情况和需求来决定的。
针对您提到的具体问题，即新单位在查看档案时发现缺少第一家公司的离职证明，并要求提供原件，但原件在第二家公司的入职资料里，第二家公司拒绝提供的情况。这确实是一个比较棘手的问题。在这种情况下，我建议您：
与第二家公司沟通，说明情况，看是否能够协商提供离职证明的复印件或加盖公章的证明文件，以满足新单位的要求。
如果第二家公司确实无法提供，您可以考虑联系第一家公司，看是否能够重新开具一份离职证明，或者提供其他能够证明您与该公司解除劳动关系的文件。
同时，您也可以向新单位说明情况，提供其他能够证明您工作经历和能力的材料，以争取新单位的理解和支持。
总之，离职证明虽然不一定会直接放入档案，但它在职业转换和入职过程中起着非常重要的作用。希望我的解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。