面对合作股东不配合注销公司的情况，您可以采取以下策略来应对，以确保公司能够顺利、合法地完成注销流程：

1. 前置沟通与协商

   • 深入了解原因：首先，与不配合的股东进行深入的沟通，了解其不合作的具体原因。可能是对清算结果有异议、对注销流程不了解，或者有其他利益诉求。明确问题所在是解决问题的第一步。
   • 明确法律后果：向股东详细阐述不配合注销可能带来的法律后果，包括个人信用受损、未来注册新公司或贷款受限，以及可能丧失在公司中的权益和面临额外法律责任。
   • 寻求共识与解决方案：通过友好协商，尝试达成一个双方都能接受的解决方案，比如调整清算方案、给予一定的经济补偿等，以推动注销进程的顺利进行。

2. 书面通知与证据保留

   • 发出正式通知：若协商无果，应向不配合的股东发出书面通知，明确要求其配合注销事宜，并设定合理的配合期限和义务。
   • 确保送达与凭证保留：采用可靠的方式（如邮寄、电子邮件并确认收悉等）确保通知的送达，并妥善保留送达凭证，如邮寄回执、电子邮件截图等，为后续可能的法律程序做好准备。

3. 依据公司章程与法律程序推进

   • 查阅公司章程：仔细审查公司章程中关于公司解散、清算和注销的相关规定，确保注销流程的合规性。公司章程可能规定了股东在公司注销程序中的职责和义务，以及对不履行义务股东的处理办法。
   • 遵循法定程序：按照《公司法》的规定，成立清算组进行清算，编制资产负债表和财产清单，制定清算方案，并报股东会或人民法院确认。完成清算后，即可申请注销公司登记。
   • 股东会决议：在符合法定条件的情况下，召集股东会就注销事宜进行讨论并表决。即使部分股东不配合，只要达到法定多数（如代表三分之二以上表决权的股东通过），决议即有效。同时，可在决议中对不配合的股东采取限制权利等措施。

4. 引入专业机构与行政协助

   • 聘请专业机构：考虑聘请专业的会计师事务所、律师事务所等中介机构协助进行清算工作，提供专业的法律意见和操作指导，增强清算过程的公正性和专业性。
   • 寻求行政协助：向当地的工商行政管理部门咨询公司注销的相关问题和程序，了解在股东不配合情况下的解决途径和建议。行政机关可能会根据具体情况要求公司和股东提供相关材料，并对注销事宜进行调查和监督。

5. 法律途径的终极保障

   • 提起诉讼：若通过上述方式均无法解决问题，可依法向法院提起诉讼，请求法院判令不配合的股东履行配合注销的义务。在诉讼过程中，需准备充分的证据，如公司章程、股东决议、书面通知及送达凭证等，以证明注销的合法性和必要性。
   • 申请破产（如适用）：如果公司符合破产条件（如资不抵债、无法清偿到期债务等），且其他途径无法解决注销问题，可以考虑向法院提出破产申请。一旦进入破产清算程序，清算结束后即可注销公司。

结论与建议：面对股东不配合注销的复杂情况，公司应综合运用沟通协商、书面通知、依据章程与法律程序、引入专业机构与行政协助以及法律途径等多种策略。在整个过程中，务必注重证据的收集和保留，以维护公司和其他股东的合法权益。如果问题依然无法解决，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议和操作方案。