公司对公账户偿还法人借款是否会被预警，需结合具体情形判断，但通常合规操作不会触发预警，违规操作则可能面临税务、银行或法律风险。以下从不同角度详细分析：
一、合规操作下的情况
借款合同与资金用途合规：
- 若公司与法人之间存在合法有效的借款合同，且借款用途明确、合法（如用于公司经营、临时资金周转等），公司通过公账户偿还法人借款，属于正常的资金往来，通常不会触发预警。
- 法律依据：根据《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）的相关规定，合法的借贷关系受法律保护。只要借款合同内容合法、双方意思表示真实，且资金用途合规，该行为即受法律保护。
税务合规：
- 若公司偿还法人借款时，按照税法规定履行了相应的税务义务（如代扣代缴个人所得税等），则不会因税务问题触发预警。
- 税务处理：根据税法规定，法人从公司取得的借款利息收入，应依法缴纳个人所得税。公司作为支付方，有义务代扣代缴该税款。若公司未履行代扣代缴义务，可能面临税务处罚。
二、违规操作下的情况
借款合同无效或资金用途违规：
- 若公司与法人之间的借款合同无效（如因欺诈、胁迫等情形订立），或资金用途违规（如用于非法活动、个人消费等），公司通过公账户偿还法人借款，可能因合同无效或资金用途违规而面临法律风险。
- 法律后果：合同无效可能导致借款本金及利息无法得到法律保护，甚至可能因涉及非法活动而面临刑事处罚。同时，银行可能因资金用途违规而对公司账户进行监控或限制。
未履行税务义务：
- 若公司偿还法人借款时，未按照税法规定履行代扣代缴个人所得税等税务义务，可能因税务违规而触发预警。
- 税务风险：税务机关可能对公司进行税务稽查，要求补缴税款、滞纳金及罚款。情节严重的，还可能涉及刑事责任。
银行监控与预警：
- 银行作为金融机构，对客户的资金往来负有监管责任。若公司公账户与法人账户之间的资金往来频繁、金额巨大或存在异常情形（如夜间大额转账、与高风险地区账户往来等），银行可能因反洗钱、反恐融资等监管要求而触发预警机制。
- 银行处理：银行可能要求公司提供相关证明材料以证明资金往来的合法性。若公司无法提供充分证据，银行可能对公司账户进行限制或冻结。
三、建议与措施
- 完善借款合同：确保公司与法人之间的借款合同合法有效，明确借款用途、还款期限及利息等条款。
- 履行税务义务：按照税法规定履行代扣代缴个人所得税等税务义务，避免税务风险。
- 规范资金往来：确保公司公账户与法人账户之间的资金往来合规、透明，避免频繁、大额或异常的资金往来。
- 保留相关证据：妥善保留借款合同、还款凭证、税务申报表等相关证据材料，以备银行或税务机关查询。
若您对公司对公账户偿还法人借款的具体操作或法律风险有进一步疑问，可以直接向我咨询。我将结合您的实际情况，为您提供更详细、更专业的法律建议。