结论前置：员工请假扣业绩提成是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度与劳动合同的约定
- 合法情形：如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了员工请假会扣除相应的业绩提成，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，也不显失公平，那么公司扣除业绩提成可能是合法的。例如，规章制度中明确说明“员工因个人原因请假，将按照请假天数扣除当月业绩提成的X%”，且这一规定在制定时经过了民主程序，并向员工进行了公示或告知。
- 违法情形：如果公司的规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定本身违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），那么公司扣除业绩提成就可能是违法的。此外，如果规章制度或劳动合同中的规定显失公平，如“员工请假一天，扣除当月全部业绩提成”，这样的规定也可能被认定为无效。
相关法律法规的规定
- 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。业绩提成作为劳动报酬的一部分，其支付也应当遵循这一原则。如果公司无正当理由扣除业绩提成，可能构成拖欠工资。
- 请假与工资的关系：员工请假期间，公司应当按照法律法规和劳动合同的规定支付工资。如果请假属于带薪休假（如年假、婚假等），公司应当全额支付工资；如果请假属于无薪休假（如事假），公司则可以不支付请假期间的工资，但不应影响其他正常工作期间的业绩提成。
实际操作中的建议
- 审查规章制度与劳动合同：员工在遇到公司扣除业绩提成的情况时，首先应当审查公司的规章制度和劳动合同，看是否有相关规定，并判断这些规定是否合法合理。
- 与公司协商：如果认为公司扣除业绩提成的行为不合法或不合理，员工可以与公司进行协商，要求公司说明扣除的依据和理由，并寻求合理的解决方案。
- 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司规章制度中规定“员工因个人原因请假超过3天的，将扣除当月业绩提成的20%”。如果员工小李因个人原因请假了4天，且这一规定在制定时经过了民主程序并向员工进行了公示或告知，那么公司扣除小李当月业绩提成的20%可能是合法的。但如果公司规章制度中没有这样的规定，或者规定本身违反了法律法规的强制性规定，那么公司扣除业绩提成就可能是违法的。
进一步思考：在实际操作中，公司扣除业绩提成的行为往往涉及到复杂的法律关系和事实认定。因此，员工在遇到此类问题时，应当及时咨询专业律师或法律机构，以获取更具体、更专业的法律建议。如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。