收到违规补缴认定书后，应按照以下步骤处理：

1. 仔细阅读认定书内容
   首先需全面审查认定书的具体内容，包括违规补缴的事实依据、法律依据、补缴金额计算方式及期限要求。重点关注：

   • 认定主体是否为有权机关（如税务、社保部门）；
     
   • 事实描述是否与实际情况一致（如补缴期间、基数、项目等）；
     
   • 法律依据是否明确（如《社会保险法》《税收征收管理法》等条款）；
     
   • 补缴金额计算是否合理（是否存在重复计算、错误适用费率等问题）。
     

2. 核实事实与证据
   若对认定书内容存在异议，需立即收集反驳证据，例如：

   • 劳动合同、工资发放记录等证明劳动关系存续期间；
     
   • 社保缴费凭证、完税证明等证明已依法缴纳；
     
   • 单位内部财务记录、审批流程等证明补缴行为合法性；
     
   • 行政机关此前出具的合规性文件或指导意见。
     若证据充分，可形成书面异议材料，在法定期限内提交至认定机关。

3. 选择救济途径
   根据异议程度选择以下方式：

   • 行政复议：自收到认定书之日起60日内，向上一级行政机关或本级人民政府申请复议，要求撤销或变更认定；
     
   • 行政诉讼：若复议未果或直接选择诉讼，可在收到复议决定书之日起15日内，或自知道认定书之日起6个月内，向法院提起行政诉讼；
     
   • 协商和解：若存在计算错误或程序瑕疵，可主动联系行政机关协商补正，避免诉讼成本。
     

4. 履行补缴义务（若认可认定）
   若确认补缴义务合法，需在规定期限内完成：

   • 计算补缴金额（含本金、滞纳金、利息等）；
     
   • 通过指定渠道缴纳（如社保局、税务局窗口或线上系统）；
     
   • 保留缴费凭证，避免后续争议。
     

5. 防范后续风险

   • 补缴后要求行政机关出具结清证明，避免重复追缴；
     
   • 完善单位内部合规制度（如社保缴费台账、审批流程），防止再次违规；
     
   • 关注信用记录，部分地区会将违规补缴纳入企业征信系统。
     

注意事项：

• 逾期未处理可能面临加收滞纳金、强制执行等后果；
  
• 行政复议或诉讼期间，补缴义务通常不停止执行（除非申请停止执行并获准）；
  
• 若涉及刑事风险（如逃税罪），需立即咨询刑事律师介入。
  

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我提供认定书内容及背景信息。