企业名称登记被认定侵权时，确实存在最长诉讼时效的适用问题，但需结合具体情况分析。以下是对此问题的详细解答：

一、基本诉讼时效规定

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于企业名称侵权纠纷。即，权利人知道或应当知道自己权利受到损害及义务人之日起三年内，可以向人民法院提起诉讼。这是企业名称侵权纠纷中最常见的诉讼时效期间。

二、最长诉讼时效规定

同样依据《民法典》第一百八十八条，如果权利人自权利受到损害之日起超过二十年才发现侵权行为，且没有法定中断、中止事由，那么其再提起诉讼将可能因超过最长诉讼时效而面临败诉风险。二十年的最长诉讼时效并非绝对不可突破，在特殊情况下（如权利人因不可抗力等客观原因无法行使请求权），法院可能会根据实际情况作出灵活处理，例如根据权利人的申请决定延长诉讼时效。

三、诉讼时效的起算点

1. 权利人知道或应当知道权利受损之日：这是诉讼时效起算的常规标准。例如，当企业发现自己的名称被他人擅自使用并造成市场混淆时，从发现之日起开始计算诉讼时效。
2. 权利人知道或应当知道义务人之日：在某些情况下，权利人可能先发现侵权行为，但不知道具体侵权人是谁。此时，从权利人知道或应当知道具体侵权人之日起开始计算诉讼时效。
3. 持续侵权行为的诉讼时效：对于持续性的企业名称侵权行为（如长期冒用他人企业名称进行经营活动），权利人可以在侵权行为持续期间内随时提起诉讼，不受三年普通诉讼时效的限制。但需注意，若侵权行为已终止，则应从终止之日起开始计算三年的诉讼时效。

四、诉讼时效的中断与中止

1. 中断：在诉讼时效期间内，若发生权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等情形，诉讼时效将从中断、有关程序终结时起重新计算。
2. 中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等客观障碍导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止。待障碍消除后，诉讼时效期间继续计算。

五、实际建议

1. 及时取证与诉讼：一旦发现企业名称被侵权，应尽快收集证据并提起诉讼，以避免超过诉讼时效。
2. 关注诉讼时效动态：在诉讼过程中，应密切关注诉讼时效的动态变化，如是否存在中断、中止等情形，以便及时调整诉讼策略。
3. 咨询专业律师：虽然我在这里提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在面临企业名称侵权纠纷时，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律帮助。

综上所述，企业名称登记被认定侵权时，确实存在最长诉讼时效的适用问题。但具体适用哪种诉讼时效期间，需根据权利人知道或应当知道权利受损的时间、侵权行为的性质以及是否存在中断、中止等情形来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。