结论：是否起诉“小三”和您老公注册的物流公司，以及起诉后会产生什么影响，这取决于您起诉的具体事由和诉求。以下从不同角度为您分析可能的情况：
一、若以“小三”和您老公共同侵权（如破坏婚姻关系且涉及财产转移等）为由起诉
法律背景：
- 根据《民法典》的相关规定，如果“小三”与您老公存在破坏婚姻关系的行为，并且该行为导致了您的财产损失或精神损害，您有权要求他们承担相应的民事责任。
- 同时，如果“小三”和您老公在注册物流公司过程中，存在转移、隐匿夫妻共同财产等行为，您也可以要求分割这部分财产或要求赔偿。
可能的影响：
- 如果法院认定“小三”和您老公存在侵权行为，他们可能需要承担赔偿责任，包括赔偿您的经济损失和精神损害抚慰金。
- 起诉过程可能会对您和您老公的婚姻关系产生进一步的影响，甚至可能导致婚姻关系的破裂。
- 如果物流公司涉及夫妻共同财产，起诉可能会影响公司的运营和股权分配。
二、若以物流公司为被告，主张相关权益（如公司财产为夫妻共同财产且被非法转移等）
法律背景：
- 如果物流公司的财产中包含了您的夫妻共同财产，并且这部分财产被非法转移或隐匿，您有权要求返还或分割。
- 根据《公司法》和《民法典》的相关规定，公司股东不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益，也不得非法转移公司财产。
可能的影响：
- 如果法院认定物流公司的财产中包含了您的夫妻共同财产，并且这部分财产被非法转移，您可能有权要求返还这部分财产或获得相应的赔偿。
- 起诉过程可能会影响物流公司的声誉和运营，甚至可能导致公司股权结构的变动。
- 如果“小三”作为公司股东或实际控制人存在违法行为，她可能需要承担个人责任，包括赔偿损失等。
三、若仅起诉“小三”或仅起诉您老公，不涉及物流公司
法律背景：
- 如果您仅起诉“小三”或仅起诉您老公，而不涉及物流公司，那么案件将主要围绕他们之间的个人行为展开。
- 根据《民法典》的相关规定，您可以根据具体事由（如侵权、违约等）要求他们承担相应的民事责任。
可能的影响：
- 起诉过程可能会对您和您老公的婚姻关系产生直接影响。
- 如果“小三”被认定存在违法行为，她可能需要承担赔偿责任或受到其他法律制裁。
- 起诉结果可能不会直接影响物流公司的运营和股权结构，但如果涉及夫妻共同财产的分割，可能会间接影响公司的财务状况。
建议：
- 在决定是否起诉以及起诉谁之前，建议您先收集相关证据，包括婚姻关系证明、财产转移证明、物流公司注册及运营情况等。
- 您可以咨询专业律师（即我本人，郑素洁律师，专注于婚姻家庭、遗产继承领域），根据您的具体情况和诉求，制定合适的诉讼策略。
- 起诉是一个复杂且耗时的过程，需要您做好充分的准备和应对。在起诉前，请务必考虑清楚可能的结果和影响，以及您是否愿意承担这些结果和影响。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。