结论：车船税跨年逾期，税务机关要求补交一整年的车船税，在一般情况下是合法的，但具体是否合法还需结合逾期原因、当地税务机关的具体执行政策以及是否存在特殊情况等因素来综合判断。
分析说明：
车船税的基本规定：
- 车船税是按年征收的税种，纳税人应当在规定的纳税期限内申报缴纳。根据《中华人民共和国车船税法》及其实施条例，车船税的纳税义务发生时间为取得车船所有权或者管理权的当月，且应当按年申报缴纳。
逾期补缴的合法性：
- 如果纳税人未在规定期限内缴纳车船税，税务机关有权要求纳税人补缴税款，并可能加收滞纳金。这是基于税收法定原则，即纳税人必须按照法律规定履行纳税义务，逾期未缴则需承担相应的法律责任。
- 在车船税的情况下，由于它是按年征收的，因此如果纳税人跨年逾期未缴，税务机关要求补交一整年的车船税（在纳税人确实未缴纳该年度税款的前提下）是合法的。
特殊情况考虑：
- 逾期原因：如果纳税人因不可抗力（如自然灾害、意外事故等）导致无法按时缴纳车船税，且能提供相关证明，税务机关可能会根据具体情况给予减免或延期缴纳的优惠。
- 当地政策：不同地区的税务机关可能根据当地实际情况制定了一些具体的执行政策或优惠措施。因此，在判断税务机关要求补交一整年车船税是否合法时，还需要考虑当地的具体政策。
- 已缴纳情况：如果纳税人已经部分缴纳了车船税，或者存在重复缴纳的情况，税务机关在要求补缴时应进行相应调整，避免多征税款。
行动建议：
- 核实情况：首先，您需要核实自己是否确实未缴纳该年度的车船税，以及是否存在上述特殊情况。
- 与税务机关沟通：如果您认为税务机关的要求存在不合理之处，或者您存在特殊情况需要说明，建议及时与税务机关沟通，提供相关证明材料，争取合理的解决方案。
- 遵守法律义务：无论最终结果如何，您都应遵守税收法律义务，按时缴纳应纳税款，避免产生不必要的法律风险和额外费用。
后续思考依据：
- 在处理此类问题时，关键在于理解税收法律义务和税务机关的执法权限。同时，也要关注当地的具体政策和特殊情况，以便更准确地判断税务机关的要求是否合法合理。
- 如果您对税务机关的决定存在异议，还可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。不过，在采取这些措施之前，建议先咨询专业律师的意见。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。