往来函件能否盖合同章，需根据具体情况来判断，一般来说，在符合一定条件下是可以的。以下从不同角度为你详细分析：

从合同章的用途和性质来看

合同章是专门用于签订合同的印章，它代表着合同签订方的真实意愿和承诺。往来函件如果涉及到合同相关的内容，比如对合同条款的确认、修改、补充，或者是对合同履行情况的说明、沟通等，在这些情况下，从本质上来说，往来函件是合同履行过程中的一种沟通方式，与合同具有紧密的关联性。因此，在这种情况下，使用合同章加盖在往来函件上，是具有合理性和合法性的，能够表明函件内容是合同签订方的正式意见。

举例：甲乙双方签订了一份买卖合同，在合同履行过程中，甲方发现货物存在质量问题，于是向乙方发出一封往来函件，详细说明了货物质量问题的具体情况，并提出了解决方案。如果甲方在这封函件上加盖了合同章，就表明甲方对函件中所陈述的内容和提出的方案是正式且严肃的，具有法律效力。

从法律规定的角度分析

我国法律并没有明确规定往来函件必须使用何种印章，但要求印章的使用应当符合当事人的真实意愿和交易习惯。只要往来函件的内容是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，加盖合同章并不会影响函件的效力。不过，如果往来函件的内容与合同无关，或者加盖合同章的行为违反了公司内部的印章管理制度，那么这种加盖行为可能会引发一些法律风险。

举例：某公司内部规定，合同章只能用于签订正式的合同文件，不能用于其他往来函件。如果员工违反规定，在一份与合同无关的往来函件上加盖了合同章，一旦该函件引发了法律纠纷，公司可能会以员工违反内部规定为由，主张该加盖行为无效。但从外部法律关系来看，如果相对方是善意的，不知道公司内部有这样的规定，该加盖行为仍然可能被认定为有效。

从实际操作和风险防范的角度考虑

1. 明确函件性质：在使用合同章加盖往来函件之前，要明确函件的性质和目的。如果函件内容确实与合同相关，且是为了履行合同、解决合同纠纷等目的而发出的，那么加盖合同章是合适的。但如果函件内容与合同无关，或者只是日常的商务沟通、信息传递等，建议使用公司公章或其他专门的业务印章。
2. 遵守内部规定：要遵守公司内部的印章管理制度，按照规定的程序和权限使用合同章。如果公司对合同章的使用有严格的规定，比如需要经过特定部门的审批、登记等，那么在使用合同章加盖往来函件时，要确保这些程序得到履行，以避免因违反内部规定而引发不必要的法律风险。
3. 保留相关证据：在使用合同章加盖往来函件后，要妥善保留函件的原件和相关证据，如发送函件的记录、对方的回复等。这些证据在日后可能发生的法律纠纷中，能够证明函件的真实性和有效性，维护自己的合法权益。

建议：如果你对往来函件能否盖合同章存在疑问，或者担心加盖合同章会引发法律风险，可以在加盖之前咨询专业的法律人士，根据你的具体情况进行分析和判断。同时，在使用合同章时，要严格按照公司内部的规定和法律要求进行操作，确保加盖行为的合法性和有效性。如果你还有其他关于合同纠纷方面的法律问题，欢迎随时向我咨询。