增值税法中第二章税率第十二条和第十三条的主要区别在于它们分别规定了不同情形下的税率适用。具体来说：

1. 第十二条的规定：

   • 第十二条通常规定了增值税的基本税率或者某一类特定交易、服务的标准税率。这是增值税法中对于税率的一个基础性、普遍性的规定，适用于大多数常规的交易和服务。
   • 例如，如果第十二条规定的是“纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为XX%”，那么这就是对大多数销售行为和进口行为所适用的税率的明确。

2. 第十三条的规定：

   • 第十三条则往往针对某些特定的交易、服务或者行业，规定了不同于第十二条基本税率的特殊税率。这些特殊税率可能是为了鼓励或扶持某些行业，或者是为了对某些特定交易进行特殊调节。
   • 例如，第十三条可能规定“纳税人销售下列货物、服务、无形资产、不动产，税率为XX%：（一）……（二）……”，这里列出的就是适用特殊税率的特定项目。

深度分析：

• 从立法目的来看，第十二条和第十三条的设置体现了增值税法的灵活性和针对性。通过设定基本税率和特殊税率，增值税法能够既保证税收的普遍性和稳定性，又能根据经济社会的实际需要，对特定行业或交易进行特殊调节。
• 从纳税人的角度来看，了解并准确适用这两条的规定，是合法合规进行税务申报和缴纳的关键。纳税人需要根据自身的交易类型和服务内容，判断应该适用哪一条的规定，从而确定正确的税率。

法律建议：

• 对于纳税人来说，要仔细研读增值税法的相关规定，特别是第二章税率的部分，确保自己能够准确理解和适用第十二条和第十三条的规定。
• 在实际操作中，如果对于某项交易或服务应该适用哪一条的规定存在疑问，建议及时咨询税务机关或专业律师，以避免因税率适用错误而引发的税务风险。

可能的法律后果：

• 如果纳税人错误地适用了税率，可能会导致税务申报的错误，进而可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金以及可能的罚款等。
• 因此，准确理解和适用增值税法中的税率规定，对于纳税人来说至关重要。

如有其他关于增值税法或税务方面的疑问，可以直接向我咨询。