在国企不存在自然人股东作为受益所有人的情况下，通常需通过穿透识别实际控制人或最终受益主体来确定受益所有人，具体处理方式如下：

1. 穿透识别实际控制人
   根据《中国人民银行关于进一步做好受益所有人身份识别工作有关问题的通知》及《公司法》相关规定，若国企无自然人股东，需通过股权结构向上穿透，识别直接或间接拥有超过25%股权或表决权的自然人。例如：

   • 若国企由另一家国有企业全资控股，需继续向上穿透至该上级企业的股东结构，直至识别到自然人股东或符合“实际控制”条件的自然人（如通过协议安排、家族信托等方式实际控制企业）。
     
   • 若穿透后仍无自然人股东（如上级企业为集体所有制企业或无实际控制人），则需结合其他标准综合判断。

2. 综合判断实际控制人
   若股权穿透无法识别自然人，需通过以下方式确定受益所有人：

   • 通过人事、财务、业务控制权判断：若某自然人通过人事任命、财务审批、业务决策等实际控制国企运营（如国企高管通过亲属代持股份或隐名协议控制企业），该自然人可被认定为受益所有人。
     
   • 通过协议或章程安排判断：若国企章程或股东协议中明确约定某自然人享有最终决策权或收益分配权（如“一致行动人”协议、优先分红权等），该自然人需被识别为受益所有人。
     
   • 通过政府或监管部门指定判断：若国企由政府或监管部门直接管理（如政策性银行、国有独资公司），且无自然人实际控制，可依据《企业国有资产法》将“履行出资人职责的机构”（如国资委）视为受益所有人，但需在反洗钱等场景中进一步说明无自然人受益的情况。

3. 特殊情形处理

   • 国有独资公司：若国企为国有独资公司（如中国石油天然气集团），其唯一股东为国务院或地方政府，此时受益所有人可认定为“国家”，但需在客户身份识别（KYC）或反洗钱报告中明确说明无自然人受益所有人，并留存国资监管文件作为证明。
     
   • 集体所有制企业：若国企由集体所有制企业控股（如部分乡镇企业改制后的国企），需穿透至集体企业的成员大会或理事会，识别实际行使控制权的自然人（如集体企业负责人或核心成员）。
     
   • 无实际控制人情形：若国企股权极度分散且无自然人通过任何方式实际控制（如部分上市公司），可依据《证券法》及交易所规则，将“董事会”或“管理层”视为受益所有人，但需在报告中说明理由并留存股东名册、董事会决议等证据。

实务建议：

• 留存完整穿透证据：在识别受益所有人时，需留存股权结构图、股东协议、公司章程、政府批文等文件，以证明识别过程的合规性。
  
• 动态更新识别信息：若国企股权结构或控制权发生变化（如增资、减持、协议变更），需在30日内重新识别受益所有人并更新档案。
  
• 咨询监管要求：不同行业（如金融、能源）对受益所有人的识别标准可能存在差异，建议结合具体行业监管规则（如银保监会《金融机构客户身份识别实施指引》）进一步确认。
  

如有具体案例或进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合国企性质、股权结构及行业特点提供针对性方案。