当公司受益人备案中股东为非自然人（即法人股东）时，处理方式需结合具体备案要求及法律规范进行，以下是详细说明：

1. 明确备案要求中的“受益人”定义
   根据《公司法》及反洗钱相关法规（如《金融机构客户尽职调查办法》），受益人通常指最终控制或享有公司经济利益的自然人。若股东为法人（如公司、合伙企业等），需穿透至该法人的实际控制人或自然人股东，完成受益人信息登记。
   例如：若A公司（法人股东）持有B公司股份，需进一步登记A公司的控股股东或实际控制人（如自然人C）为B公司的受益人。

2. 法人股东备案的具体步骤

   • 提供法人股东的合法资质文件：包括营业执照、公司章程、股东名册等，证明其合法存续及股权结构。
     
   • 穿透登记至自然人受益人：若法人股东有控股自然人（如持股超25%的股东、实际控制人），需登记其姓名、身份证号、联系方式等信息。
     
   • 无自然人控股时的处理：若法人股东无自然人控股（如国有独资公司、全员持股的合作社），可登记法人股东本身为受益人，但需备注“无自然人最终控制人”，并附说明文件。

3. 需注意的法律风险与合规要点

   • 反洗钱合规：根据《反洗钱法》，金融机构（如银行、证券公司）需对客户进行尽职调查，若公司股东为法人，必须穿透登记受益人，否则可能面临行政处罚（如罚款、业务限制）。
     
   • 信息真实性义务：公司需确保备案的受益人信息真实、准确，若故意隐瞒或虚假登记，可能构成《公司登记管理条例》中的“提交虚假材料”行为，面临罚款甚至吊销营业执照。
     
   • 跨境股东的特殊要求：若法人股东为境外公司，需额外提供境外公司的注册证明、股权结构图（需公证认证），并登记其境内实际控制人（如有）。

4. 实务建议

   • 提前梳理股权结构：备案前绘制清晰的股权穿透图，明确每一层级的自然人控制人，避免遗漏。
     
   • 留存备查文件：保存法人股东的资质文件、股权转让协议、实际控制人声明等，以备监管部门核查。
     
   • 定期更新信息：若法人股东的股权结构或实际控制人发生变化，需在30日内更新备案信息，否则可能影响公司信用评级或业务开展。

若您在备案过程中遇到具体问题（如股权穿透困难、境外股东合规等），可直接向我咨询，我会结合您的公司类型（如有限责任公司、股份有限公司）及股东背景，提供针对性解决方案。