结论：自然人独资公司的实控人配偶是否承担债务，需根据具体情况判断，主要包括债务性质、资金用途、是否构成共同债务或表见代理等因素。以下从不同角度详细分析：

1. 债务性质与资金用途

• 公司债务与个人债务的区分：自然人独资公司的债务原则上属于公司债务，由公司财产承担，实控人（股东）仅在未履行出资义务或滥用公司法人独立地位时，才对公司债务承担连带责任（《公司法》第63条、第20条）。若债务明确为公司经营所需，且资金未用于夫妻共同生活，配偶通常不承担责任。
• 例外情形：若实控人将公司资金用于家庭共同生活（如购房、购车等），或配偶实际参与公司经营并从中受益，可能被认定为夫妻共同债务，配偶需承担连带责任（《民法典》第1064条）。

2. 是否构成共同债务

• 共同债务的认定标准：根据《民法典》第1064条，夫妻共同债务需满足以下条件之一：
  1. 双方共同签字或事后追认；
  2. 债务用于家庭日常生活需要；
  3. 债权人能证明债务用于夫妻共同生活、共同生产经营。
• 实控人债务的特殊性：若实控人以个人名义借款用于公司经营，但配偶未签字或未参与经营，且债权人无法证明资金用于家庭共同生活，则不属于共同债务，配偶无需承担责任。

3. 表见代理的适用

• 表见代理的定义：若实控人以公司名义对外借款，但配偶在借款过程中以配偶身份参与（如共同签署合同、提供担保等），可能构成表见代理，导致配偶需承担责任。
• 案例参考：若配偶在借款合同上签字，或实际参与公司管理并对外代表公司，债权人可能主张配偶构成表见代理，要求其承担还款责任。

4. 实控人滥用公司法人独立地位

• 法律后果：若实控人通过虚构债务、转移资产等方式逃避债务，损害债权人利益，债权人可主张“刺破公司面纱”，要求实控人及其配偶承担连带责任（《公司法》第20条）。
• 举证责任：债权人需证明实控人存在滥用公司法人独立地位的行为，且配偶实际参与或从中受益。

5. 实务建议

• 对债权人：
  1. 签订借款合同时，要求实控人及其配偶共同签字；
  2. 保留资金用途证据（如转账记录、合同等），证明债务用于夫妻共同生活或共同经营；
  3. 关注实控人财产状况，及时申请财产保全。
• 对实控人配偶：
  1. 避免参与公司经营或签署相关文件；
  2. 保留个人财产独立证据（如银行流水、财产登记证明等）；
  3. 若被起诉，积极举证债务未用于家庭共同生活。

总结：自然人独资公司实控人配偶是否承担债务，需结合债务性质、资金用途、是否构成共同债务或表见代理等因素综合判断。若您涉及此类纠纷，建议提供具体案情（如借款合同、资金流向等），以便进一步分析。