结论：村集体一般无权扣留国家项目个人确权土地一次性流转20年的款项，但具体还需根据流转合同约定、流转程序合法性以及款项性质等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从土地流转的基本法律原则来看
根据《农村土地承包法》等相关法律法规，农村土地流转应遵循依法、自愿、有偿的原则。这意味着，土地流转的款项应当直接支付给土地承包经营权人，即农民个人，村集体一般无权截留或扣留。这是保护农民土地权益、确保土地流转公平公正的重要法律原则。
二、从流转合同约定来看
合同明确约定：如果土地流转合同中明确约定了流转款项的支付方式、支付对象等条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照合同约定执行。如果合同约定款项直接支付给农民个人，村集体就无权扣留。
合同未明确约定或约定不明：如果流转合同中没有明确约定款项的支付方式或支付对象，或者约定不明，那么就需要根据相关法律法规和流转习惯来推断。在这种情况下，一般应倾向于保护农民个人的权益，即款项应支付给农民个人。
三、从流转程序合法性来看
合法流转程序：如果土地流转程序合法，即经过了必要的审批、登记等程序，且流转合同已经生效，那么流转款项的支付就应当按照合同约定和法律法规的规定执行。村集体无权擅自扣留。
非法流转程序：如果土地流转程序存在违法情形，如未经审批、未登记等，那么流转合同的效力可能会受到影响。在这种情况下，如果流转款项被村集体扣留，农民个人可以通过法律途径维护自己的权益，要求村集体返还扣留的款项。
四、从款项性质来看
土地流转补偿款：如果流转款项是土地流转的补偿款，即因土地流转而给予农民个人的经济补偿，那么这笔款项应当直接支付给农民个人，村集体无权扣留。
其他性质款项：如果流转款项并非单纯的土地流转补偿款，而是包含了其他费用或项目，如村集体提供的服务费、管理费等，那么就需要根据具体情况来判断村集体是否有权扣留部分款项。但即便如此，村集体扣留的款项也应当有明确的合同依据或法律法规依据。
法律建议
审查流转合同：农民个人应仔细审查土地流转合同，确保合同中明确约定了流转款项的支付方式、支付对象等条款。
保留相关证据：在土地流转过程中，农民个人应保留好相关证据，如流转合同、审批文件、登记证明等，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
寻求法律帮助：如果村集体擅自扣留了流转款项，农民个人可以通过法律途径维护自己的权益，如向当地农村土地承包仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
总结：村集体一般无权扣留国家项目个人确权土地一次性流转20年的款项。但具体还需根据流转合同约定、流转程序合法性以及款项性质等因素综合判断。如果农民个人在土地流转过程中遇到村集体扣留款项的情况，应及时寻求法律帮助，维护自己的合法权益。