结论前置：商户在储值卡中设置一年有效期并在一年后自动作废卡片的行为，其合法性需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
合法的情况
事先明确约定且不违反法律法规强制性规定：
- 如果商户在办卡时，通过合同、会员章程、显著的店堂告示等方式，明确告知了储值卡的有效期为一年，并且消费者在接受服务时对此表示了接受（如签字确认、实际使用卡片等），同时双方基于自愿原则达成了关于有效期的约定，且该约定不违反相关法律法规的强制性规定，那么商户设置一年有效期的行为是合法的。
符合行业惯例或商业合理性：
- 在某些特定行业中，设置储值卡有效期是常见的商业惯例，且具有合理的商业目的，如保证商品或服务的质量、应对市场变化等。如果商户能够证明其设置一年有效期是基于行业通行做法和合理的商业考虑，并且在办卡时已合理告知消费者，那么该行为也是合法的。
不合法的情况
未明确告知有效期：
- 如果商户在办卡时未以合理、显著的方式告知消费者储值卡存在一年有效期的限制，那么根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，商户的行为侵犯了消费者的知情权，因此设置一年有效期的行为是不合法的。
有效期设置不合理：
- 即使商户事先告知了有效期，但如果该有效期的设置明显不合理，如远远短于同行业的普遍标准或没有合理的商业依据，那么根据《中华人民共和国民法典》关于格式条款的规定，该有效期设置可能被视为无效的格式条款，因此商户的行为也是不合法的。
违反相关法规：
- 根据《单用途商业预付卡管理办法（试行）》和《关于规范商业预付卡管理的意见》，记名卡不得设有效期；不记名卡有效期不得少于3年。如果商户设置的一年有效期违反了上述法规的规定，那么其行为显然是不合法的。
消费者权益保护建议
- 保存证据：消费者应保存好储值卡、消费记录、办卡时的合同或会员章程等相关凭证，以便在发生纠纷时作为证据。
- 积极维权：若商户的行为不合法，消费者有权要求商户恢复卡的有效性、退还卡内剩余金额或提供其他合理的解决方案。如果协商不成，消费者可以向消费者协会投诉或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结与进一步思考：商户在储值卡中设置一年有效期并在一年后自动作废卡片的行为，其合法性并非绝对，而是需要根据具体情况进行判断。作为消费者，在办卡时应仔细阅读合同或会员章程，了解储值卡的有效期等相关条款，并在必要时要求商户进行解释或说明。如果遇到商户设置不合理有效期或未明确告知有效期的情况，消费者应积极维权，保护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。