劳动仲裁申请加班工资确实存在时效限制，但具体规定需根据不同情况来分析。以下是对这一问题的详细解答：

1. 一般时效规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年。这一时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 举例说明：如果用人单位每月固定时间发放工资，但某个月未支付加班工资，那么从该月工资发放日起，劳动者即应知晓其权利被侵害，此时仲裁时效开始计算。劳动者需在此后的一年内提出仲裁申请，否则可能因超过时效而丧失胜诉权。

2. 特殊时效规定：

   • 劳动关系存续期间：若加班工资争议涉及拖欠劳动报酬，且该拖欠状态在劳动关系存续期间持续存在，则劳动者不受上述一年仲裁时效的限制。这意味着，只要劳动者与用人单位的劳动关系尚未终止，劳动者随时可以就加班工资问题提起仲裁。
   • 劳动关系终止后：一旦劳动关系终止，劳动者需在劳动关系终止之日起一年内就加班工资问题提出仲裁申请。若超过此期限，除非存在法定的时效中断或中止事由，否则仲裁机构可能会以超过仲裁时效为由不予受理或驳回仲裁请求。

3. 时效中断与中止：

   • 时效中断：在仲裁时效期间内，若劳动者向用人单位主张权利（如讨要加班费）、向有关部门请求权利救济（如向劳动监察部门投诉）或用人单位同意履行义务（如承诺支付加班费），则仲裁时效中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
   • 时效中止：若因不可抗力（如自然灾害、重大疾病等）或其他正当理由导致劳动者无法在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，则仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

4. 举证责任与证据保留：

   • 在两年内，对于是否存在拖欠加班工资的事实，举证责任主要由用人单位承担。这意味着，如果劳动者主张两年内的加班工资被拖欠，用人单位需要提供证据证明其已按时支付了加班工资。
   • 超过两年后，举证责任则转移至劳动者身上。如果劳动者主张两年前的加班工资被拖欠，那么他们需要搜集并提供相关证据来证明自己的主张，如考勤记录、工资支付凭证等。否则，劳动者可能会因举证不能而承担不利后果。

建议与提醒：

• 鉴于仲裁加班工资的时效限制及其复杂性，劳动者在提起仲裁前应仔细考虑并咨询专业律师（即我，牛丹律师），以确保了解自己的具体权益和相关的时效规定。
• 劳动者应尽可能收集并保存与加班工资争议相关的证据材料，如考勤记录、加班申请单、工资条、银行流水等，以便在仲裁过程中有力地维护自己的合法权益。
• 若劳动关系已经终止，劳动者应在一年内及时提起仲裁申请，避免因超过时效而丧失胜诉权。

综上所述，劳动仲裁申请加班工资的时效限制是明确的，但具体时效期间的计算可能因不同情况而有所差异。劳动者在提起仲裁前务必充分了解相关法律法规和程序要求，以确保自己的权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。