若违法消除申请未通过，可采取以下措施：

1. 核查未通过原因
   首先需明确申请被驳回的具体原因。行政机关通常会出具书面驳回通知，其中会载明未通过的理由（如材料不全、程序违法、事实认定错误等）。例如，若因“证据不足”被驳回，需补充关键证据（如监控录像、证人证言等）；若因“超过申请时效”，则需评估是否存在时效中断或重新计算的情形。
   法律依据：根据《行政处罚法》第六十条，行政机关应告知当事人处罚的事实、理由及依据，当事人有权陈述申辩。若未告知具体原因，可要求行政机关出具书面说明。

2. 申请行政复议
   若认为驳回决定存在程序违法或实体错误（如事实认定不清、法律适用错误），可在收到驳回通知之日起60日内向上一级行政机关或同级政府申请行政复议。复议机关将重新审查申请材料及行政机关的驳回决定，并作出维持、撤销或变更的复议决定。
   操作建议：复议申请需提交书面材料，包括原申请材料、驳回通知、复议请求及事实理由，并附相关证据。复议期间，原驳回决定通常不停止执行，但可申请暂缓执行。

3. 提起行政诉讼
   若对复议结果不服，或未选择复议程序，可在收到驳回通知或复议决定之日起6个月内向法院提起行政诉讼。法院将独立审查行政机关的驳回决定是否合法，包括程序是否合法、证据是否充分、适用法律是否正确等。
   关键点：诉讼中需注意举证责任分配。若行政机关主张申请违法，需由其承担举证责任；若当事人主张程序违法，则需提供相应证据（如未收到告知书、超期处理等）。

4. 协商或调解
   在复议或诉讼前，可尝试与行政机关协商解决。例如，若因材料瑕疵被驳回，可补充材料后重新申请；若因理解偏差导致申请内容不符要求，可调整申请内容后再次提交。部分行政机关设有调解机制，可通过书面或口头方式提出调解请求。
   注意：协商或调解需保留书面记录（如邮件、聊天记录），避免口头承诺无据可查。

5. 特殊情形处理

   • 紧急情况：若违法状态持续（如车辆被扣押、经营场所被查封），可申请法院先予执行或要求行政机关采取临时措施（如返还财物、解除查封）。
     
   • 历史遗留问题：若申请涉及多年前违法行为，需核查是否已过追诉时效（如《治安管理处罚法》规定违法行为在6个月内未被发现的，不再处罚）。
     

总结：违法消除申请未通过后，应优先通过核查原因、复议或诉讼等法定途径维权，同时可结合协商、调解等柔性手段提高解决效率。具体选择哪种方式，需根据驳回原因、证据充分性及时间成本综合判断。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对策略。