车祸导致受害人成为植物人，两年后死亡，是否会立案，需根据具体情况判断，但通常情况下，若死亡与车祸存在因果关系，公安机关会依法立案。以下从不同角度进行分析：
一、立案的法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十二条的规定，人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案。在车祸导致受害人成为植物人，两年后死亡的情况下，如果死亡结果与车祸存在直接的因果关系，且肇事者存在交通肇事等犯罪行为，那么公安机关应当依法立案。
二、因果关系的判断
直接因果关系：如果受害人的死亡是由于车祸导致的直接伤害（如颅脑损伤等）所引发的，且这种伤害在两年内持续存在并最终导致死亡，那么可以认为死亡与车祸存在直接因果关系。在这种情况下，公安机关会依法立案，并追究肇事者的刑事责任。
间接因果关系或中断：如果受害人的死亡是由于其他独立因素（如疾病、意外等）所导致的，或者车祸导致的伤害在两年内已经完全恢复，而死亡是由于其他原因造成的，那么可能认为死亡与车祸不存在直接因果关系。然而，这种情况较为复杂，需要具体分析。例如，如果车祸导致的伤害虽然看似恢复，但实际上留下了隐患，最终导致了死亡，那么仍然可能认为存在因果关系。
三、立案后的处理
刑事侦查：一旦立案，公安机关将展开刑事侦查工作，收集证据，查明事实真相。这包括对肇事者的调查、对受害人的伤情鉴定、对事故现场的勘查等。
刑事责任追究：如果侦查结果表明肇事者存在犯罪行为，且该行为与受害人的死亡存在因果关系，那么公安机关将依法将案件移送检察机关审查起诉。检察机关将根据证据情况决定是否提起公诉，并由法院进行审判。
民事赔偿：除了刑事责任外，肇事者还可能需要承担民事赔偿责任。受害人家属可以向法院提起民事诉讼，要求肇事者赔偿因车祸导致的损失，包括医疗费、护理费、丧葬费、死亡赔偿金等。
四、特殊情况考虑
诉讼时效：虽然刑事案件的追诉时效较长，但民事赔偿的诉讼时效通常为三年。然而，在受害人成为植物人等特殊情况下，诉讼时效可能会中止或延长。因此，即使受害人两年后死亡，其家属仍然有可能在法律规定的期限内提起民事诉讼。
证据收集：由于时间跨度较长，证据收集可能会面临一定困难。因此，受害人家属应尽快向公安机关报案，并积极配合公安机关的侦查工作，以便及时收集和固定证据。
建议：如果发生类似情况，受害人家属应尽快向公安机关报案，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师将根据案件的具体情况，为受害人家属提供法律帮助和支持。