结论：怀疑两兄弟不是一个父亲，是可以进行亲子鉴定的。
法律背景与解释：
亲子鉴定，是通过现代生物技术和遗传学原理，对父母与子女之间的亲缘关系进行鉴定的一种科学方法。在婚姻家庭领域，亲子鉴定常用于确认亲子关系，解决因亲子关系产生的争议。
进行亲子鉴定的条件与流程：
自愿原则：亲子鉴定应当基于自愿原则进行。无论是父母还是子女，都有权决定是否进行亲子鉴定。如果一方不同意，另一方不能强制进行。
合法机构：进行亲子鉴定应当选择具有合法资质的鉴定机构。这些机构通常具备专业的技术人员和先进的鉴定设备，能够确保鉴定结果的准确性和可靠性。
鉴定流程：一般来说，亲子鉴定需要采集被鉴定人的生物样本（如血液、口腔拭子等），然后送交鉴定机构进行检测。鉴定机构会根据检测结果出具鉴定报告，明确亲子关系。
针对您的情况的建议：
沟通协商：如果您怀疑两兄弟不是一个父亲，首先建议与相关当事人（如孩子的母亲、另一方可能的父亲）进行沟通协商，了解他们的意见和态度。如果大家都同意进行亲子鉴定，那么可以共同选择一家合法机构进行鉴定。
保护隐私：在进行亲子鉴定的过程中，要注意保护相关当事人的隐私。避免将鉴定结果泄露给无关人员，以免对当事人造成不必要的困扰和伤害。
法律后果：如果亲子鉴定结果确认两兄弟不是一个父亲，那么这可能会引发一系列的法律后果，如抚养权、继承权等问题的变更。因此，在做出鉴定决定前，要充分考虑这些可能的法律后果，并做好相应的准备。
特殊情况下的处理：
如果一方不同意进行亲子鉴定，而另一方又坚持要鉴定，那么可能需要通过法律途径来解决。在这种情况下，可以寻求法院的帮助，由法院根据具体情况决定是否允许进行亲子鉴定。但需要注意的是，法院在决定是否允许鉴定时，会综合考虑多种因素，如当事人的权益、鉴定结果的必要性等。
如果您在亲子鉴定或婚姻家庭领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。