两姐妹做亲子鉴定，确实有可能证明她们不是一个父亲。以下从几个角度详细分析这个问题：

1. 亲子鉴定的基本原理：

   • 亲子鉴定是通过比较个体间的遗传物质（如DNA）来确定他们之间是否存在亲缘关系的一种科学方法。在亲子鉴定中，通常会检测多个遗传标记，这些标记在个体间具有高度的多态性，即不同个体间的遗传标记存在差异。
   • 如果两姐妹的遗传标记与假设父亲的遗传标记不匹配，那么可以推断出她们与该假设父亲不存在亲缘关系，从而证明她们不是一个父亲所生。

2. 两姐妹做亲子鉴定的具体情况：

   • 如果两姐妹分别与同一个假设父亲进行亲子鉴定，且鉴定结果显示她们与该假设父亲不存在亲缘关系，那么可以明确地说，她们不是一个父亲所生。
   • 如果两姐妹只与其中一个姐妹的假设父亲进行亲子鉴定，且鉴定结果显示她们与该假设父亲不存在亲缘关系，这只能说明该姐妹与假设父亲无亲缘关系，但不能直接证明两姐妹不是一个父亲所生。不过，如果结合其他证据（如家庭背景、母亲陈述等），可以进一步推断。

3. 法律与伦理考量：

   • 在进行亲子鉴定时，应确保所有参与者的知情同意，并尊重他们的隐私权。亲子鉴定结果可能对家庭关系产生深远影响，因此应在谨慎考虑后进行。
   • 从法律角度来看，亲子鉴定结果可以作为证据使用，但具体如何应用需根据相关法律法规和案件具体情况来判断。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 选择正规的亲子鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
   • 在进行亲子鉴定前，应充分了解鉴定的目的、过程和可能的结果，以便做出明智的决策。

建议：如果你或你的家人面临类似的情况，建议先咨询专业的法律人士或亲子鉴定专家，了解具体的法律程序和鉴定流程。同时，也要考虑家庭关系和情感因素，谨慎处理亲子鉴定相关事宜。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。