在交通事故中，若对方负主要责任、行人负次要责任且行人住院的情况下，保险公司的赔偿方式如下：

1. 交强险赔偿：

   • 医疗费用赔偿限额：交强险的医疗费用赔偿限额通常为1万元（具体以当地政策为准）。这部分费用包括住院费、医药费、诊疗费等。无论责任比例如何，保险公司都会在交强险的医疗费用赔偿限额内先行赔付。如果行人医疗费用在此限额内，保险公司将全额赔付；超出部分，则按照责任比例分担。
   • 死亡伤残赔偿限额：如果行人因事故导致伤残或死亡，交强险还会在死亡伤残赔偿限额内进行赔付，包括丧葬费、死亡补偿费、残疾赔偿金等。此限额通常较高（如11万元，具体以当地政策为准），且同样不考虑责任比例，在限额内先行赔付。

2. 商业三者险赔偿：

   • 超出交强险部分：对于超出交强险赔偿限额的部分，将由商业三者险按照责任比例进行赔付。在此案例中，对方负主要责任，行人负次要责任。通常，主要责任方承担70%-90%的责任，次要责任方承担10%-30%的责任（具体比例可能因地区和案件情况而异）。
   • 赔偿项目：商业三者险将赔付行人因事故导致的合理医疗费用、误工费、护理费、营养费、交通费等。这些费用需要提供相应的证据和票据来支持。

3. 行人自担部分：

   • 次要责任部分：行人因负次要责任，需要自行承担一部分损失。这部分损失通常是超出交强险赔偿限额且商业三者险未覆盖的部分，按照责任比例计算。
   • 自费项目：如果行人使用了医保范围外的药品或进行了非必要的治疗，这些费用可能不被保险公司赔付，需要行人自行承担。

4. 赔偿流程：

   • 报案：事故发生后，应及时向保险公司报案，并提供相关证据和资料。
   • 定损：保险公司会派员对事故进行定损，确定赔偿金额。
   • 赔付：在定损完成后，保险公司将按照责任比例和保险条款进行赔付。

建议：

• 保留证据：行人应保留好所有与事故相关的证据和资料，如医疗费用票据、诊断证明、误工证明等，以便在理赔时提供。
• 及时沟通：与保险公司保持及时沟通，了解理赔进度和所需材料，确保理赔过程顺利进行。
• 法律咨询：如果对理赔过程或结果有疑问，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。