违法建筑顶部漏水是可以进行司法鉴定的，但需分情况讨论：
违法建筑本身的性质：
- 违法建筑，顾名思义，是违反了相关法律法规而建造的建筑物。这类建筑在法律上通常不被承认其合法性，因此，在处理与其相关的问题时，需要特别谨慎。
- 尽管违法建筑本身不受法律保护，但当其出现质量问题，如顶部漏水时，从技术角度和事实认定上，仍然可以通过司法鉴定来确定漏水的原因、责任归属以及修复方案等。
司法鉴定的可行性：
- 司法鉴定是一种科学、客观、公正的技术手段，用于解决法律争议中的专门性问题。在违法建筑顶部漏水的情况下，司法鉴定可以针对漏水原因、建筑质量、修复成本等方面进行专业评估。
- 鉴定机构会依据相关技术标准和规范，对违法建筑进行实地勘查、检测和分析，从而得出科学、准确的鉴定结论。这些结论可以作为法院判决或调解的依据。
司法鉴定后的法律后果：
- 如果鉴定结果显示漏水是由于建筑质量问题导致的，且该问题与违法建筑的建造行为有直接关联，那么相关责任方（如建造者、使用者等）可能需要承担相应的法律责任，包括修复漏水、赔偿损失等。
- 然而，由于违法建筑本身的非法性，法院在判决时可能会考虑这一因素，对责任方的处罚或赔偿要求进行适当调整。此外，如果违法建筑面临拆除等行政处罚，那么修复漏水可能不再是首要考虑的问题。
实际操作中的注意事项：
- 在进行司法鉴定前，建议先咨询专业律师，了解相关法律法规和程序要求，确保鉴定的合法性和有效性。
- 鉴定过程中，应积极配合鉴定机构的工作，提供必要的资料和协助，确保鉴定工作的顺利进行。
- 鉴定结论出来后，应根据结论和律师的建议，及时采取相应的法律行动，维护自己的合法权益。
总结与建议：违法建筑顶部漏水是可以进行司法鉴定的，但鉴定结果的应用和法律后果需结合违法建筑的性质和相关法律法规进行综合判断。如果你面临此类问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。