关于夫妻双方共同经营的店铺如何分配的问题，这确实是一个涉及法律、情感和实际经营情况的复杂议题。以下是我根据相关法律法规和实际情况，为您提供的详细解答：

一、基本原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻在婚姻关系存续期间的生产、经营收益属于共同财产，双方享有平等的处理权。这意味着，在没有特殊约定的情况下，店铺所得利润应视为夫妻共同财产，原则上应平等分配。

二、具体分配方式

1. 有约定的情况：

   • 如果夫妻双方在开店前或经营过程中，通过书面形式明确了利润分配比例或方式，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定具有法律效力，双方应按照约定进行分配。

2. 无约定的情况：

   • 在没有特殊约定时，店铺所得利润原则上应平等分配。但实际操作中，会考虑双方对店铺经营的贡献大小，如时间、精力、资金、技术等投入，进行合理分配。如果双方贡献基本相同，则平均分配；如果贡献差异较大，则可根据实际情况适当倾斜。

三、债务处理

• 开店过程中产生的债务，如果用于夫妻共同经营，那么这些债务属于共同债务，需要双方共同承担。在分配利润前，应预留足够的资金用于偿还共同债务，以确保店铺的正常运营和双方的合法权益。

四、离婚时的财产分配

• 如果夫妻双方决定离婚，店铺财产需要进行评估，包括固定资产和流动资产。分割原则由双方协商确定，协商不成则由人民法院根据具体情况判决。在判决时，法院会特别关注子女、女方和无过错方的权益。
• 店铺可能继续由一方经营，并给予另一方相应的经济补偿；或者进行清算后分配剩余财产。具体方式取决于双方的协商结果和法院的判决。

五、特殊建议

1. 签订书面协议：

   • 为避免未来可能出现的纠纷，夫妻在开店前或经营过程中应签订书面协议，明确出资比例、利润分配方式、债务承担等事项。这样可以在发生争议时提供明确的法律依据。

2. 保留相关证据：

   • 工作记录、业务合同、客户反馈等证据对于证明双方在经营中的贡献大小具有重要作用。因此，建议双方妥善保管这些证据，以便在需要时提供有力支持。

3. 寻求专业帮助：

   • 如果双方在分配问题上无法达成一致意见，可以寻求专业律师或调解机构的帮助。他们可以提供专业的法律意见和调解服务，帮助双方达成公平合理的分配方案。

综上所述，夫妻双方共同经营的店铺的分配问题应遵循相关法律法规和公平合理的原则进行。通过签订书面协议、保留相关证据和寻求专业帮助等方式，可以确保分配的公正性和合理性，维护双方的合法权益。