结论：小股东申请退出并查封股东资金的行为是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断其合法性。以下从不同角度进行分析：
一、股东退出的合法性
法定退出情形：
- 根据《公司法》及相关规定，股东在特定情况下有权要求公司回购其股权或通过其他合法途径退出公司，如公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利且符合分配利润条件；公司合并、分立、转让主要财产等重大事项发生时，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权等。
- 若小股东的退出申请符合上述法定情形，且程序合法，则其退出行为本身是合法的。
约定退出情形：
- 如果公司章程或股东之间有特别约定，允许股东在特定条件下退出，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么小股东按照约定退出也是合法的。
二、查封股东资金的合法性
司法查封：
- 若小股东通过法律途径，如申请财产保全，由法院依法对股东资金进行查封，这是合法的。财产保全是一种法律措施，旨在确保将来判决能够得到有效执行，保护申请人的合法权益。
- 在此过程中，小股东需要提供充分的证据证明其申请查封的合法性及必要性，并遵循法院的程序要求。
非法查封：
- 如果小股东未经法律程序，擅自采取查封、扣押等措施对股东资金进行处置，这是违法的。这种行为可能构成对股东财产权的侵犯，需要承担相应的法律责任。
三、综合判断与建议
- 合法退出与查封：如果小股东的退出申请合法，且通过法律途径申请查封股东资金，那么其行为是合法的。但在此过程中，应确保所有程序均符合法律要求，避免侵犯其他股东的合法权益。
- 非法行为后果：如果小股东的退出申请不合法，或未经法律程序擅自查封股东资金，那么其行为可能构成违法，需要承担法律责任，包括但不限于赔偿损失、恢复原状等。
- 建议：对于小股东而言，在申请退出并查封股东资金前，应充分了解相关法律法规及公司章程的规定，确保自己的行为合法合规。如有必要，可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此在处理此类问题时，建议根据实际情况进行具体分析。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。