结论：被告已经在破产程序中，原告已申报债权的情况下，仍然可以在特定条件下单独起诉，但需遵循相关法律规定和程序要求。以下是对此问题的详细分析：
一、破产程序对债权人诉讼权利的基本影响
破产程序启动后，法院将对债务人的全部财产进行集中管理和分配，旨在通过破产清算或重整等方式公平解决债务问题。在此期间，债权人的个别清偿和诉讼活动通常会受到限制，以确保全体债权人的公平受偿。然而，这并不意味着债权人的诉讼权利完全丧失，而是根据具体情况有所调整。
二、可以单独起诉的特定情形
补充申报债权及异议诉讼：
- 若债权人在人民法院确定的债权申报期限内未申报债权，可在破产财产最后分配前补充申报。
- 补充申报的债权人对债权表记载有异议时，可向受理破产申请的人民法院提起诉讼，要求确认债权的存在、数额、性质等。这是为了保障债权人在破产程序中的合法权益，确保债权得到准确认定和公平分配。
对连带责任人的诉讼：
- 债权人申报债权后在破产程序中未受清偿的部分，有权向保证人或其他连带债务人提起诉讼，要求其承担保证责任或连带清偿责任。这是基于连带责任的原则，确保债权人在债务人无法清偿时，能够向其他连带责任人追偿。
担保权受限时的诉讼：
- 若债权人在破产申请受理前对债务人的特定财产享有担保权且未获足额清偿，其担保权在破产程序中受到限制时，可向法院提起诉讼，主张就该特定财产优先受偿。这是为了保护债权人的担保权益，确保其在破产程序中能够优先受偿。
恶意串通损害利益的诉讼：
- 债务人与个别债权人恶意串通，损害其他债权人利益的，其他债权人可向法院起诉，请求确认该行为无效并赔偿损失。这是为了维护破产程序的公平性和公正性，防止债务人与个别债权人之间的不正当行为损害其他债权人的利益。
出资人未履行出资义务的诉讼：
- 债务人的出资人如尚未完全履行出资义务，债权人可向法院起诉，请求出资人缴纳所认缴的出资，以充实债务人财产并保障债权人的受偿权益。这是为了确保债务人的财产充足，从而保障债权人的受偿权益。
三、起诉的注意事项
诉讼时效：
- 债权人应在法律规定的诉讼时效期间内提起诉讼，否则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。对于破产程序中涉及的债权纠纷，诉讼时效的起算点和中断、中止等情形需遵循相关法律法规的规定。
起诉程序：
- 债权人起诉时需按照民事诉讼法的规定提交起诉状和相关证据，并按照法院的要求参与诉讼程序。同时，应充分了解破产程序的相关规定和流程，以便更好地维护自身权益。
配合破产程序：
- 在诉讼过程中，债权人应积极配合管理人和法院的工作，提供必要的证据和材料。同时，债权人应关注破产程序的进展，了解债务人的财产状况和分配方案等信息，以便及时调整自己的诉讼策略。
建议：在面临此类情况时，债权人应首先咨询专业律师（即我，陈美玲律师，专注于法律顾问、合同纠纷领域），了解自己的权利和义务，以及诉讼的可能结果和风险。同时，债权人应积极配合破产程序和管理人的工作，提供必要的证据和材料，以便更好地维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。