针对您提出的“医疗机构未执行药品追溯码制度是否违法以及如何处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、是否违法
医疗机构未执行药品追溯码制度是违法的。根据国家医保局发布的《医疗保障基金使用监督管理条例实施细则》以及相关法律法规，医疗机构有义务按照规定使用药品耗材追溯码，以确保药品来源的合法性和可追溯性。未执行此制度，即违反了相关规定。
二、如何处罚
对于医疗机构未执行药品追溯码制度的行为，处罚措施主要依据《医疗保障基金使用监督管理条例》及相关实施细则进行。具体处罚如下：
责令改正与约谈：
- 医疗保障行政部门会首先责令医疗机构改正未执行药品追溯码制度的行为。
- 同时，可以约谈有关负责人，强调其遵守相关规定的必要性。
罚款：
- 如果医疗机构拒不改正，医疗保障行政部门将对其处以1万元以上5万元以下的罚款。
其他信用管理措施：
- 医疗保障行政部门还可以依据相关法律法规，对医疗机构采取加强法治教育、列入重点监管对象、增加检查频次等信用管理措施，以督促其遵守规定。
对于严重违法行为的处罚：
- 如果医疗机构的行为构成骗取医疗保障基金等严重违法行为，将按照《医疗保障基金使用监督管理条例》的相关规定进行更严厉的处罚，包括处以骗取金额2倍以上5倍以下的罚款，责令暂停相关责任部门6个月以上1年以下涉及医疗保障基金使用的医药服务，甚至吊销相关责任人员的执业资格。
三、特殊情况说明
- 需要注意的是，虽然市卫生健康委员会的行政权责清单中主要提及了对疾病预防控制机构、接种单位未按照规定提供追溯信息的处罚，但这并不排除医疗机构在药品追溯码制度执行上的违法性。医疗机构作为药品使用的重要环节，同样需要遵守药品追溯码制度的相关规定。
- 另外，不同地区的具体执行细则和处罚力度可能存在差异，因此在实际操作中，医疗机构应密切关注当地医疗保障行政部门和卫生健康委员会的具体要求和规定。
综上所述，医疗机构未执行药品追溯码制度是违法的，并将面临责令改正、约谈、罚款以及其他信用管理措施等处罚。对于严重违法行为，还将受到更严厉的处罚。因此，医疗机构应严格遵守相关规定，确保药品来源的合法性和可追溯性。