结论：废品站不知道起火原因时，要确定找哪个部门赔偿，需先明确起火原因及可能的责任主体，再根据具体情况向相关部门或责任人主张赔偿。以下从不同角度进行分析：
一、明确起火原因及责任主体
调查起火原因：
- 废品站应首先配合消防部门进行火灾调查，以确定起火原因。消防部门会出具火灾事故认定书，这是后续主张赔偿的重要依据。
确定责任主体：
- 根据火灾事故认定书，分析起火原因是否与废品站自身管理不善（如乱堆乱放易燃物品、电气线路老化等）有关。
- 若起火原因与废品站无关，而是由第三方（如相邻建筑、过往车辆、人为纵火等）引起，则需进一步确定该第三方的身份和责任。
二、根据责任主体主张赔偿
废品站自身责任：
- 如果起火原因是由于废品站自身管理不善导致的，那么废品站可能需要自行承担损失，或者如果废品站购买了相关保险（如火灾保险），可以向保险公司申请理赔。
第三方责任：
- 相邻建筑或设施责任：如果起火是由于相邻建筑或设施的火灾蔓延至废品站导致的，废品站可以向相邻建筑或设施的所有者或管理者主张赔偿。
- 过往车辆责任：如果起火是由于过往车辆（如货车、汽车等）的故障或操作不当导致的，废品站可以向车辆所有者或驾驶员主张赔偿。
- 人为纵火：如果起火是人为纵火导致的，废品站应向公安机关报案，并追究纵火者的刑事责任。同时，如果纵火者有赔偿能力，废品站也可以向其主张民事赔偿。
政府部门责任（特殊情况）：
- 在极少数情况下，如果起火是由于政府部门（如消防部门、电力部门等）的疏忽或过错导致的（如消防设施维护不当、电力线路故障等），废品站也可以考虑向相关部门主张赔偿。但这种情况较为罕见，且需要充分的证据支持。
三、赔偿主张的具体流程
收集证据：
- 废品站应收集与火灾相关的所有证据，包括火灾事故认定书、现场照片、视频、证人证言等。
协商赔偿：
- 在确定责任主体后，废品站可以尝试与责任主体进行协商，以达成赔偿协议。
提起诉讼：
- 如果协商无果，废品站可以向人民法院提起诉讼，要求责任主体承担赔偿责任。在诉讼过程中，废品站需要提交充分的证据来证明自己的主张。
四、建议与注意事项
及时报案与调查：
- 废品站在发生火灾后，应立即向消防部门报案，并配合进行火灾调查。这有助于尽快确定起火原因和责任主体。
保留证据：
- 废品站应妥善保留与火灾相关的所有证据，以便在后续主张赔偿时使用。
咨询专业律师：
- 在处理此类复杂案件时，废品站可以咨询专业律师（即我，李勇律师，专注于刑事辩护、离婚、经济纠纷、交通事故、合同纠纷、房产纠纷、公司事务领域），以获取更具体的法律建议和帮助。
注意诉讼时效：
- 废品站在主张赔偿时，应注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，废品站应在诉讼时效期间内提起诉讼。
综上所述，废品站在不知道起火原因时，应首先配合消防部门进行火灾调查，以确定起火原因和责任主体。然后，根据具体情况向相关部门或责任人主张赔偿。如有需要，废品站可以随时向我咨询相关法律问题。