结论：法院是否可以不以第二次欠条的约定直接按第一次欠条立案，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体案情和法律规定进行综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 欠条的法律性质与效力：

   • 欠条作为债权债务关系的凭证，其法律效力主要取决于其内容是否真实、合法，以及是否反映了双方的真实意思表示。
   • 如果第二次欠条是对第一次欠条的修改或补充，且双方均认可其效力，那么第二次欠条通常应视为对第一次欠条的变更或替代，法院在审理时应以第二次欠条为准。
   • 如果第二次欠条存在欺诈、胁迫等情形，导致其内容并非双方真实意思表示，那么该欠条可能被认定为无效，此时法院可能会考虑第一次欠条的效力。

2. 立案的依据与标准：

   • 法院立案主要依据的是原告提供的证据材料，包括欠条等债权凭证。
   • 在立案阶段，法院通常会对原告提供的证据进行初步审查，以判断其是否符合立案条件。如果原告提供的是第二次欠条，且该欠条符合立案要求，法院一般会以第二次欠条为依据进行立案。
   • 如果原告坚持要求以第一次欠条立案，而法院认为第二次欠条更符合实际情况或更具有法律效力，法院可能会要求原告提供充分证据证明第二次欠条存在无效情形，或者根据案情直接决定以第二次欠条为准。

3. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，类似情况的处理往往取决于具体案情和法官的自由裁量权。
   • 如果第二次欠条明确约定了与第一次欠条不同的还款期限、金额或方式等，且双方对此无争议，法院通常会尊重双方的约定，以第二次欠条为准进行审理。
   • 如果双方对第二次欠条的效力存在争议，或者第二次欠条存在明显不合理之处，法院可能会结合第一次欠条的内容、双方交易习惯、行业惯例等因素进行综合判断。

4. 法律建议：

   • 对于债权人而言，在签订欠条时应尽量明确、具体地约定债权债务关系，避免产生歧义或争议。
   • 如果发生欠条变更或补充的情况，应及时与债务人沟通并达成一致意见，确保新欠条的合法性和有效性。
   • 在诉讼过程中，应积极配合法院的审理工作，提供充分证据证明自己的主张，以便法院能够准确判断案情并作出公正裁决。

总结与进一步思考：法院是否可以不以第二次欠条的约定直接按第一次欠条立案，取决于具体案情和法律规定。在实际操作中，建议债权人妥善保管好所有与债权债务关系相关的证据材料，并在必要时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。