针对三轮全蓬摩托车被处以200元罚款、扣3分的处理方式，可按以下步骤进行：

1. 确认违法事实与处罚依据
   首先需核实处罚决定书上的违法内容（如未佩戴头盔、无证驾驶、闯红灯、未悬挂号牌等），确认具体违法行为及对应的法律依据（如《道路交通安全法》第XX条）。若对违法事实有异议，可申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 缴纳罚款

   • 期限：需在收到处罚决定书之日起15日内完成缴纳，逾期每日按罚款数额的3%加处罚款（但加处罚款总额不超过罚款本金）。
     
   • 方式：可通过“交管12123”APP、银行柜台、自助终端等渠道缴纳。若选择线下缴纳，需携带处罚决定书、身份证、驾驶证及行驶证。
     
   • 注意事项：缴纳后需保留凭证，避免因系统延迟导致“未处理”状态。

3. 处理扣分

   • 扣分会自动记入驾驶证，若一个记分周期内累计扣分达到12分，需参加7天交通安全教育并重考科目一；若未达12分，扣分会在下一个记分周期（满12个月）自动清零。
     
   • 特殊情况：若驾驶证为实习期（初次领证后12个月），扣满12分将直接注销驾驶证，需重新报考。

4. 后续合规建议

   • 检查车辆手续：确认三轮全蓬摩托车是否已登记上牌、年检合格，驾驶人是否持有对应准驾车型的驾驶证（如D证）。
     
   • 遵守交规：避免再次发生同类违法行为，如未佩戴头盔、超载、逆行等。
     
   • 定期查询记录：通过“交管12123”APP查询驾驶证状态，确保无未处理违法记录。

若对处罚有异议：
可在收到处罚决定书之日起60日内向作出处罚的交警部门申请行政复议，或6个月内向法院提起行政诉讼。需准备证据（如行车记录仪视频、现场照片等）证明违法事实不成立或处罚程序违法。

提示：三轮全蓬摩托车属于机动车范畴，驾驶人需严格遵守《道路交通安全法》及相关规定，否则可能面临更严厉的处罚（如拘留、吊销驾驶证等）。如有其他疑问，可直接向我咨询。