车辆即使已经做了抵押，法院在某些情况下仍然有权对其进行查封。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际情况考量：
一、法律依据与法院权力
根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》，人民法院在执行程序中，为了保障申请执行人的合法权益，可以依法对被执行人占有的动产、登记在被执行人名下的不动产、特定动产及其他财产权进行查封、扣押、冻结。这一规定明确了法院查封财产的法律依据和权力范围，不受财产是否已设定抵押的限制。
二、抵押与查封的区别及共存
抵押：是一种担保方式，通过限制抵押物的处分权来确保债权人在债务人不履行债务时能够优先受偿。抵押并不影响抵押物的所有权归属，也不排斥其他司法机关对抵押物采取司法措施。
查封：是法院在执行程序中采取的一种强制性措施，旨在限制被执行人对财产的处分，以确保后续执行工作的顺利进行。查封的目的是防止财产转移、隐匿或处分，从而保障申请执行人的权益。
抵押与查封可以并存。抵押权人享有的是对抵押物的优先受偿权，而查封则是法院对财产的一种临时性控制措施，两者并不冲突。
三、法院查封已抵押车辆的常见情形
抵押人涉及其他债务纠纷：若抵押人除与抵押权人间的债务外，还涉及其他债务纠纷，并在其他案件中被起诉至法院且未履行生效法律文书确定的义务，法院为保障其他债权人的权益，有权对抵押车辆进行查封。
抵押权实现过程中存在争议：在实现抵押权的过程中，若出现抵押合同效力、抵押物价值评估、优先受偿范围等争议，法院可能会根据具体情况对抵押车辆进行查封，以防止抵押物被擅自处分，保护各方合法权益。
案件保全需要：如果车主涉及某起案件，且法院认为有必要对车辆采取保全措施，以防止财产转移或损失，无论车辆是否已抵押，法院均有权进行查封。
四、查封对抵押权的影响及后续处理
不影响优先受偿权：法院查封抵押车辆一般不会影响抵押权人的优先受偿权。在处置查封的抵押车辆时，抵押权人仍可按法律规定和抵押合同约定，在抵押物变现后的价款中优先受偿。
具体受偿顺序和范围可能受影响：但具体的受偿顺序和范围可能受其他因素（如是否存在其他担保物权、法定优先权等）影响。因此，在抵押权实现过程中，抵押权人应密切关注案件进展，确保自身权益得到妥善维护。
查封后的处理：查封期间，车辆虽然可以继续使用，但不得擅自处分（如出售、转让等）。如果车辆已被抵押给债权人，且债权人享有优先受偿权，那么在执行过程中，法院可能会考虑债权人的利益，在拍卖或变卖车辆所得价款中优先清偿抵押权人的债权。
五、实际操作建议
一旦车辆被法院查封，其使用权和处分权将受到限制。车主应积极配合法院处理相关事宜，并遵守相关法律程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供详细的法律建议和帮助，确保你的权益得到妥善维护。