结论：借条签字后用记号笔水按手印，从法律效力的角度来说，一般不影响借条的效力，但可能存在证据保存和鉴定方面的风险，不建议这样做。

1. 法律效力层面：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，借条作为借款合同的书面形式，其有效性主要取决于是否具备合同成立的基本要素，即双方当事人的真实意思表示、借款金额、借款期限等关键条款的明确性，以及签字或盖章等确认行为。
   • 按手印在法律上通常被视为一种确认行为，与签字具有同等的法律效力。因此，即使使用记号笔水按手印，只要该手印是借款人本人所按，且借条内容真实、合法，那么该借条在法律上仍然是有效的。

2. 证据保存和鉴定层面：

   • 记号笔水按手印可能存在褪色、模糊或难以保存的问题。随着时间的推移，记号笔的颜色可能会逐渐褪去，导致手印变得不清晰，甚至无法辨认。这可能会给未来的证据保存和鉴定带来困难。
   • 在法律纠纷中，如果需要对借条上的手印进行鉴定，以确认其真实性或与借款人的关联性，那么记号笔水按的手印可能由于颜色、质地等原因，难以进行准确的鉴定。这可能会影响借条作为证据的证明力。

3. 建议做法：

   • 为了确保借条的法律效力和证据保存的可靠性，建议使用红色印泥或专用指纹油来按手印。这些材料具有更好的持久性和清晰度，能够更有效地保存手印信息，便于未来的鉴定和查证。
   • 在按手印前，应确保手部清洁干燥，避免手印模糊或污染。同时，按手印时应确保手印完整、清晰，能够准确反映借款人的指纹特征。

总结：虽然从法律效力的角度来说，借条签字后用记号笔水按手印一般不影响借条的效力，但考虑到证据保存和鉴定的可靠性，建议使用更合适的材料来按手印。如果你在借条签订或保存过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。