在摩托车相撞且双方都有责任，特别是其中一方主责且重伤的情况下，赔偿问题的处理需要遵循一系列明确的法律流程和原则。以下是对此问题的详细解答：
一、责任认定
首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，公安机关交通管理部门会根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作交通事故认定书。这份认定书会明确载明交通事故的基本事实、成因和当事人的责任，是后续赔偿处理的重要依据。在您的案例中，如果一方被认定为主责，那么他在事故中的过错程度相对较大。
二、赔偿处理流程
交强险先行赔付：
- 无论责任大小，双方摩托车的交强险都会在责任限额内先行赔付。对于摩托车，交强险的财产损失赔偿限额通常为2000元（具体可能因地区和政策调整而异），而人身损害赔偿限额则包括医疗费用、死亡伤残赔偿等。
超出交强险部分的赔偿：
- 超出交强险赔偿限额的部分，将根据事故认定书确定的责任比例进行分担。在您的案例中，如果主责方重伤，他可能需要承担自己医疗费用的一部分，同时也要根据责任比例赔偿对方因事故造成的损失。
- 如果双方都投保了商业第三者责任险等商业保险，那么超出交强险限额的部分可以由保险公司根据保险合同约定按责任比例在商业险限额内进行赔偿。
赔偿项目与计算：
- 人身损害赔偿包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、营养费、残疾赔偿金（如果构成残疾）、残疾辅助器具费、被扶养人生活费以及精神损害抚慰金等。这些费用需要根据实际情况和相关证明文件进行计算。
- 财产损失赔偿主要包括车辆维修费用、车辆贬值损失（在特殊情况下可能得到支持）及其他随身物品损坏等，按实际损失价值计算并提供相应证据。
三、责任比例分担
根据事故认定书确定的责任比例，双方将分别承担相应比例的赔偿责任。例如，如果主责方被认定承担60%的责任，那么他需要承担自己损失和对方损失中60%的部分（在交强险赔付后）。同样，次责方将承担剩余40%的责任。
四、争议解决途径
- 协商解决：双方可以首先尝试通过友好协商解决赔偿事宜，这通常是最快捷、最经济的方式。
- 交警部门调解：如果协商不成，可以向交警部门申请调解。交警部门会根据事故认定书和相关法律法规进行调解，促使双方达成赔偿协议。
- 诉讼解决：如果调解仍无法达成一致，任何一方都可以向法院提起诉讼，由法院依法判决赔偿金额。
五、注意事项
- 保留证据：在整个理赔过程中，务必妥善保管所有与事故和赔偿相关的证据材料，如事故现场照片、医疗单据、维修发票等。这些证据将对于后续的赔偿处理至关重要。
- 了解保险条款：不同保险公司的理赔政策和流程可能存在差异。在理赔前，应仔细阅读所投保保险公司的相关规定，了解理赔的具体要求和流程。
- 及时报案：发生事故后，应及时向交警部门和保险公司报案。这有助于确保事故得到及时处理，并为后续的赔偿处理提供便利。
综上所述，摩托车相撞双方有责任时的赔偿问题涉及多个法律知识点和实际操作步骤。通过明确责任认定、遵循赔偿处理流程、选择适当的争议解决途径并注意相关事项，可以更有效地维护自身权益并妥善处理赔偿事宜。