结论前置：民营职务侵占案件主要由公安机关负责立案侦查，人民检察院负责审查起诉，人民法院负责审判。地域管辖上，一般以犯罪地管辖为主，被告人居住地管辖为辅。
详细分析
一、职能管辖
职务侵占罪作为公诉案件，其处理流程严格遵循我国刑事诉讼法的规定，由公安机关、人民检察院和人民法院分别承担不同的职责：
公安机关：
- 立案侦查：民营企业一旦发现职务侵占的犯罪事实或犯罪嫌疑人，应立即向犯罪地（包括行为发生地和结果发生地）的公安机关报案。公安机关在受理报案后，会进行初步审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，会予以立案侦查。
- 侦查措施：在侦查过程中，公安机关有权采取讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、查封、扣押物证、书证、鉴定等多种侦查措施，以全面查明案件事实，收集证据。
人民检察院：
- 审查起诉：公安机关侦查终结的案件会移送同级人民检察院。人民检察院会对案件进行全面审查，包括事实是否清楚、证据是否确实充分、犯罪性质和罪名认定是否正确等。
- 提起公诉：若人民检察院认为犯罪事实已查清，证据确实、充分，应依法追究刑事责任的，会向有管辖权的人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
人民法院：
- 审判：人民法院对人民检察院提起公诉的职务侵占案件进行审理。法院会根据控辩双方提供的证据和辩论情况，依据法律规定判决被告人是否构成犯罪、构成何种犯罪及应判处的刑罚。
二、地域管辖
在地域管辖上，职务侵占案件一般以犯罪地管辖为主，被告人居住地管辖为辅。具体来说：
- 犯罪地管辖：犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。民营企业应向犯罪地的公安机关报案，由犯罪地的公安机关进行立案侦查。
- 被告人居住地管辖：如果由被告人居住地的公安机关管辖更为适宜的，也可以由被告人居住地的公安机关管辖。这通常适用于犯罪嫌疑人居住地与犯罪地相距较远，或者犯罪地在当地影响较小，而被告人居住地影响较大的情况。
三、特殊说明与建议
- 民事赔偿纠纷处理：若民营企业与涉嫌职务侵占人员就相关民事赔偿等问题存在争议，可通过民事诉讼途径解决。民事诉讼一般遵循“原告就被告”原则，由被告住所地人民法院管辖；若被告住所地与经常居住地不一致，则由经常居住地人民法院管辖。
- 及时报案与配合：民营企业一旦发现职务侵占情况，应及时向当地公安机关报案，并积极配合公安机关的侦查工作，提供必要的证据和线索。
- 法律咨询与援助：在整个过程中，建议民营企业及时咨询专业律师（如我常思远律师，专注于股权转让、涉外法律领域），以确保合法权益得到有效维护。针对具体案件情况，确定管辖机关与适用程序，是保障权益的关键。
综上所述，民营职务侵占案件的处理涉及公安机关、人民检察院和人民法院三个主要机关，分别负责立案侦查、审查起诉和审判工作。各机关依据法律规定和案件具体情况确定管辖，并确保案件得到公正、有效的处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。