您好，关于您提出的“不动产书面协议约定是否可以申请异议登记”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确异议登记的定义和目的。异议登记是《民法典》和《不动产登记暂行条例》规定的一种临时性保护措施。当您认为不动产登记簿上记载的事项（如权利人、面积等）存在错误，且暂时无法提供充分证据或与当前权利人无法达成一致时，可以向登记机构申请将该“异议”记载于登记簿上。这一措施的主要目的是警示潜在交易方该产权存在争议，但并不能限制或阻止权利人处分该不动产。
接下来，我们分析书面协议约定与异议登记的关系。书面协议约定本身并不直接决定是否可以申请异议登记。申请异议登记的关键在于您是否认为不动产登记簿上记载的事项存在错误，并且权利人不同意更正。只要您满足这一条件，且是该不动产的利害关系人，就有权向登记机构申请异议登记。
在申请异议登记时，您需要准备以下材料：
此外，根据《中华人民共和国民法典》第二百二十条以及《不动产登记暂行条例实施细则》第八十三条之规定，异议登记申请人应当在异议登记之日起15日内，提交人民法院受理通知书、仲裁委员会受理通知书等提起诉讼、申请仲裁的材料。逾期不提交的，异议登记将失效。
关于异议登记的期限和重复申请问题，异议登记是有期限的，且失效后，申请人就同一事项以同一理由再次申请异议登记的，不动产登记机构将不予受理。
最后，如果异议登记不当，造成不动产权利人损害的，权利人可以向申请人请求损害赔偿。
综上所述，书面协议约定本身并不决定是否可以申请异议登记，关键在于您是否满足申请异议登记的条件。如果您认为不动产登记簿上记载的事项存在错误，且权利人不同意更正，那么您有权向登记机构申请异议登记。希望这一解答能够帮助您更好地理解异议登记的相关规定和流程。