您好，关于工人上班迟到如何处理以及是否可以扣钱的问题，这确实是一个涉及劳动法和公司规章制度的重要议题。

首先，要明确的是，劳动者如存在肆意迟到等行为，确实属于违反劳动纪律，企业和雇主为了维护自身合法权益，合乎情理的考勤扣款是被允许的。但是，这种扣款必须遵循合法、合理和善意的原则，不能超出一定的限度。

具体来说，用人单位可以通过规章制度规定对迟到的劳动者扣除相应未提供劳动时间对应的工资部分。比如，如果员工迟到了半小时，那么公司可以扣除这半小时对应的工资。但是，一些用人单位超出员工正常日薪的罚款肯定是不合法的。就像您提到的案例中，员工一年内被扣了20余万元工资，这种惩罚力度显然是不合理的，也超出了法律允许的范围。

那么，什么样的扣款是合理的呢？一般来说，按劳动者日工资扣发相应缺勤时间的工资较为公平合理。比如，如果员工的日工资是200元，那么他迟到半小时，公司就可以扣除他50元左右的工资（具体数额可能需要根据公司的规章制度和实际情况来确定）。

此外，用人单位在制定规章制度时，必须确保这些制度是合法、合理且善意的。规章制度中不能明显扩大劳动者违纪结果、加重劳动者违纪责任。否则，这些制度就不能作为用人单位处罚劳动者的依据。

最后，如果员工对公司的扣款有异议，他可以通过劳动仲裁或法律途径来维护自己的合法权益。就像您提到的案例中，员工就通过劳动仲裁和法院诉讼成功维护了自己的权益。

综上所述，工人上班迟到，公司可以扣除相应未提供劳动时间对应的工资部分，但必须遵循合法、合理和善意的原则，不能超出法律允许的范围。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。