如果没犯罪的人被军人查了，一般情况下不会有不良后果，但具体还需分情况讨论：
军人依法执行职务时的检查：
- 军人如果是在依法执行职务，比如进行军事安全检查、执行军事任务过程中的必要盘查等，且检查行为符合法律法规和军队的规章制度，那么即使被检查的人没有犯罪，也不会因此产生任何不良后果。这种检查是合法的，旨在维护国家安全、军事秩序等，被检查人应当予以配合。
军人非依法执行职务时的检查：
- 如果军人并非在依法执行职务，而是出于个人目的或其他非法原因对无辜人员进行所谓的“检查”，这种行为可能构成违法甚至犯罪。
- 在这种情况下，被检查的人有权拒绝这种非法的检查，并可以向相关部门（如军队的纪检监察部门、公安机关等）进行投诉或举报。
- 如果因这种非法检查导致了被检查人的合法权益受到损害（如人身伤害、财产损失等），被检查人还可以依法要求赔偿。
法律背景与建议：
- 根据我国法律，任何公民的人身自由和合法权益都受法律保护，非经法定程序，不受非法限制和侵害。军人作为公民的一部分，同样需要遵守这一原则。
- 如果遇到军人非法检查的情况，建议保持冷静，不要与检查者发生冲突，同时尽量记录下检查的时间、地点、检查者的身份信息以及检查的具体情况等，以便后续维权。
- 如果认为自己的合法权益受到了侵害，可以及时向相关部门反映情况，并寻求法律帮助。
总结与提醒：
- 军人依法执行职务时的检查是合法的，被检查人应当配合。
- 军人非依法执行职务时的检查是违法的，被检查人有权拒绝并投诉举报。
- 无论何种情况，都应保护好自己的合法权益，遇到问题及时寻求法律帮助。
希望以上解答能对你有所帮助，如果你还有其他法律问题，可以直接向我咨询。