结论：若您将建设银行的房产证用于在农业银行贷款，且后续无法偿还贷款，房子确实存在被法院查封的风险。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与贷款关系
贷款合同关系：当您以房产作为抵押物向农业银行申请贷款时，双方会签订贷款合同，并办理房产抵押登记。这意味着，房产成为了贷款的担保物，农业银行在贷款未获清偿的情况下，有权依法处置该房产。
抵押权实现：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，抵押权人可以与抵押人协议以抵押财产折价或者以拍卖、变卖该抵押财产所得的价款优先受偿。若双方未就抵押权实现方式达成协议，抵押权人可以请求人民法院拍卖、变卖抵押财产。
二、无法偿还贷款的法律后果
逾期还款：若您未能按照贷款合同约定的期限和金额偿还贷款，农业银行将有权要求您承担违约责任，并可能采取包括但不限于催收、加收罚息、提前收回贷款等措施。
房产查封与拍卖：在您持续无法偿还贷款的情况下，农业银行有权向人民法院提起诉讼，请求法院判决您偿还贷款本息及违约金等费用。若法院判决后您仍未履行义务，农业银行可以申请法院强制执行，包括查封、拍卖您抵押的房产以清偿债务。
三、特殊情况与应对建议
贷款用途与合规性：虽然您提到的是将建设银行的房产证用于在农业银行贷款，但关键在于贷款合同的具体条款和贷款用途。若贷款用途合法合规，且您能够证明贷款资金的使用情况，这可能在一定程度上影响法院对案件的处理。然而，这并不改变房产作为抵押物的事实，以及无法偿还贷款时房产可能被查封的风险。
协商与和解：在面临还款困难时，建议您及时与农业银行沟通，尝试协商延长还款期限、调整还款方式或寻求其他和解方案。这有助于减轻您的还款压力，并避免房产被查封的风险。
法律援助与诉讼：若您与农业银行无法就还款问题达成一致，且面临房产被查封的风险，您可以寻求法律援助或委托律师代理诉讼。律师将根据您的具体情况，为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，以维护您的合法权益。
建议：为了避免房产被查封的风险，建议您务必按照贷款合同的约定按时足额偿还贷款。若确实面临还款困难，应及时与农业银行沟通并寻求解决方案。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。