结论：工程款未结算时，双方法定代表人约定欠个人款，是否还与公司有关，需分情况讨论，若该约定属于法定代表人代表公司行使职权的行为，则与公司有关；若该约定属于法定代表人个人行为，则与公司无关。以下为详细分析：
一、若约定属于法定代表人代表公司行使职权的行为
法律背景：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律规定，法定代表人作为公司的代表，有权代表公司对外进行民事法律行为，包括签订合同、处理债务等。
- 在建设工程领域，工程款的结算和支付是公司的重要经营活动之一，法定代表人有权代表公司处理此类事务。
具体分析：
- 若双方法定代表人在工程款未结算的情况下，约定欠个人款，且该约定是基于公司之间的工程款纠纷，旨在通过个人债务的形式来暂时解决公司间的债务问题，那么该约定应视为法定代表人代表公司行使职权的行为。
- 在这种情况下，该约定与公司有关，公司仍需承担最终的还款责任。个人作为债权人，有权向公司追讨欠款。
法律建议：
- 对于公司而言，应尽快与对方公司进行工程款结算，明确债务金额和还款期限，避免个人债务与公司债务混淆。
- 若已发生此类约定，公司应保留相关证据，如会议纪要、书面协议等，以证明该约定是基于公司间的债务纠纷，而非法定代表人个人行为。
二、若约定属于法定代表人个人行为
法律背景：
- 法定代表人虽然有权代表公司行使职权，但其个人行为并不当然代表公司。若法定代表人的行为超出其职权范围，或未得到公司的授权和追认，则该行为应视为其个人行为。
- 在民事法律关系中，个人债务与公司债务是相互独立的，除非有特别约定或法律规定，否则个人债务不应由公司承担。
具体分析：
- 若双方法定代表人在工程款未结算的情况下，约定欠个人款，且该约定与工程款纠纷无直接关联，或未经公司授权和追认，那么该约定应视为法定代表人个人行为。
- 在这种情况下，该约定与公司无关，公司无需承担还款责任。个人作为债权人，只能向法定代表人个人追讨欠款。
法律建议：
- 对于个人而言，在与法定代表人签订此类约定时，应明确约定债务的性质和还款责任主体，避免产生纠纷。
- 若已发生此类约定，且发现该约定属于法定代表人个人行为，个人应及时向法定代表人个人追讨欠款，并保留相关证据以维护自身权益。
三、特殊情况考虑
- 表见代理：若法定代表人的行为虽超出其职权范围，但相对人有理由相信其有权代表公司，且相对人善意无过失，那么该行为可能构成表见代理。在这种情况下，公司仍需承担还款责任。但这种情况较为复杂，需根据具体案情和法律规定进行判断。
- 公司追认：若法定代表人未经公司授权签订了此类约定，但公司事后予以追认，那么该约定也将对公司产生法律效力。公司需承担还款责任。
最后，工程款未结算时，双方法定代表人约定欠个人款是否还与公司有关，需根据具体情况进行判断。若你遇到此类纠纷，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。