在法院指定医疗鉴定后，通常按照以下步骤处理：

1. 选定鉴定机构与人员
   法院会通过摇号、抽签等法定程序选定具有资质的医疗鉴定机构（如医学会或司法鉴定中心），并明确鉴定专家组成员。若当事人对机构或人员有异议，可在规定期限内提出回避申请，法院将审查后决定是否调整。

2. 提交鉴定材料与缴费
   法院会组织双方当事人提交鉴定所需材料（如病历、检查报告、影像资料等），并通知缴费。若一方拒不提交材料或缴费，可能被视为放弃权利，法院可直接依据现有材料委托鉴定。

3. 鉴定过程与听证
   鉴定机构会组织专家对材料进行审查，必要时可要求当事人到场接受询问或进行体格检查。若案件争议较大，鉴定机构可能召开听证会，由双方陈述意见并接受专家质询。

4. 出具鉴定意见书
   鉴定机构需在法定期限内（通常为30-60日）出具书面鉴定意见，明确医疗行为是否存在过错、过错与损害后果的因果关系及参与度等核心问题。鉴定意见需加盖公章并由鉴定人签名。

5. 鉴定意见的质证与采信

   • 质证程序：法院会组织双方对鉴定意见进行质证，当事人可申请鉴定人出庭接受询问，或要求补充鉴定、重新鉴定。
     
   • 采信规则：若鉴定意见程序合法、依据充分，法院通常将其作为认定事实的关键证据；若存在程序违法、依据不足等情形，法院可不予采信并委托重新鉴定。

6. 后续法律程序
   根据鉴定结果，法院将结合其他证据综合判断医疗机构的责任比例，并据此作出判决（如赔偿金额、责任划分等）。若当事人对判决不服，可在法定期限内上诉，二审法院可能重新委托鉴定或直接采信一审鉴定意见。

注意事项：

• 当事人应积极配合鉴定程序，按时提交材料、缴费并参与听证，否则可能承担不利后果。
  
• 对鉴定意见有异议时，需在法定期限内提出书面申请，并说明具体理由（如程序违法、鉴定人资质不符等）。
  
• 医疗鉴定具有高度专业性，建议当事人在鉴定前咨询律师，制定针对性策略以维护权益。
  

如有进一步疑问，可直接向我提问，我将结合具体案情提供详细分析。