企业偷税已补缴是否算恶意逃税罪，需根据具体情况判断，并非一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、初犯且满足条件可免予刑事追责
- 法律依据
- 根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第二百零一条，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 不过，有特殊免责规定，即经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任。
- 实例说明
- 假设某企业首次被查出存在偷税漏税行为，税务机关依法下达了追缴通知，该企业迅速补缴了税款和滞纳金，并接受了相应的行政处罚。那么，依据上述规定，该企业可以免予刑事追究。
二、不符合免责条件则构成犯罪
- 重复违法情况
- 若企业在五年内已因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予过二次以上行政处罚，再次发生偷税漏税行为，即使后续补缴了税款，也仍将被追究刑事责任。
- 例如，某企业之前已经因为偷税漏税被税务机关给予过两次行政处罚，之后又出现偷税漏税行为，即便它补缴了税款，也不能逃脱刑事处罚。
- 扣缴义务人的特殊情况
- 对于扣缴义务人而言，若其采取欺骗、隐瞒手段不缴或者少缴已扣、已收税款，且数额较大，将依照上述规定处罚。与纳税人不同的是，扣缴义务人没有初犯免责的条款，即一旦查实，通常需承担刑事责任。
- 比如，某公司作为扣缴义务人，故意不将已代扣的税款上缴税务机关，且数额较大，那么该公司就要承担相应的刑事责任，即便后续补缴了税款也不能免责。
三、补缴款项的税务处理
纳税人补缴的税款、滞纳金以及接受的罚款，均不得作为企业的支出在所得税前扣除。这意味着，这些费用不会减少企业的应税收入，从而避免了企业通过偷税漏税后再补缴来规避税收的情况。
总结与建议
综上所述，企业偷税已补缴是否构成恶意逃税罪，取决于企业的具体情况及是否符合法律规定的免责条件。为避免不必要的法律风险和经济损失，建议所有企业严格遵守税法规定，按时足额缴纳税款，确保税务合规。如果企业在税务方面有任何疑问或遇到问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。