结论：营业执照被偷偷变更可能触发多种法律责任，包括行政责任、民事责任以及刑事责任，具体取决于变更行为的性质、后果以及行为人的主观意图。
一、行政责任
未经许可变更登记事项：根据《中华人民共和国公司法》及相关登记管理条例，公司的登记事项（如名称、住所、法定代表人、注册资本、经营范围等）发生变更时，应当依法向公司登记机关申请变更登记。若未经许可擅自变更营业执照上的登记事项，公司登记机关有权责令限期登记，并可能对公司处以罚款。
提供虚假材料或隐瞒重要事实：在申请变更登记过程中，如果提供虚假材料或隐瞒重要事实，公司登记机关不仅会责令改正，还可能对公司处以罚款，情节严重的，甚至可能吊销营业执照。
二、民事责任
对股东的责任：如果营业执照的变更导致公司股东权益受损，如股权结构被非法改变，股东有权要求行为人承担赔偿责任。
对债权人的责任：营业执照的变更可能影响公司的偿债能力，如果因此导致债权人利益受损，债权人也有权要求相关责任人承担赔偿责任。
三、刑事责任
伪造、变造国家机关公文、证件罪：如果行为人通过伪造、变造营业执照等国家机关公文、证件的方式实施变更，可能构成伪造、变造国家机关公文、证件罪，依法应承担刑事责任。
非法经营罪：如果营业执照的变更涉及未经许可擅自经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品，或者从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的，可能构成非法经营罪。
其他犯罪：根据变更行为的具体情况和后果，还可能涉及其他犯罪，如诈骗罪、职务侵占罪等。
法律建议：
及时报案：如果发现营业执照被偷偷变更，应立即向当地公安机关报案，以便及时查明事实真相，追究相关责任人的法律责任。
收集证据：在报案的同时，应积极收集相关证据，如变更前后的营业执照复印件、公司登记档案、相关交易记录等，以便在后续的法律程序中证明自己的权益。
咨询专业律师：由于营业执照变更可能涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议和指导。
后续行动建议：
加强内部管理：公司应加强对营业执照等重要证件的管理，防止被非法获取或变更。
定期审查登记事项：公司应定期审查营业执照上的登记事项是否与实际情况相符，如有不符应及时向公司登记机关申请变更登记。
提高法律意识：公司股东、管理人员等应提高法律意识，了解相关法律法规，避免因无知而触犯法律。