针对员工特别不称职且给公司造成损失的情况，公司可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 依据劳动合同和规章制度处理：

   • 劳动合同约定：首先，公司应检查与员工签订的劳动合同中是否有关于员工不称职或造成损失时的处理条款。如果合同中有明确约定，公司可以依据合同条款采取相应的措施，如警告、降薪、调岗或解除劳动合同等。
   • 规章制度规定：公司还应依据内部规章制度来处理此类问题。规章制度应明确员工不称职的具体表现、造成损失的认定标准以及相应的处理措施。在处理时，公司应确保规章制度的制定程序合法，且已向员工公示或告知，以便在法律上具备效力。

2. 收集证据并证明损失：

   • 证据收集：公司需要收集充分的证据来证明员工的不称职行为以及该行为给公司造成的具体损失。证据可以包括工作记录、业绩报告、客户投诉、财务损失记录等。
   • 损失证明：在证明损失时，公司应尽可能提供详细的损失计算方法和依据，以便在法律上得到认可。如果损失难以直接计算，公司可以寻求专业评估机构的帮助来出具评估报告。

3. 采取法律措施：

   • 警告与整改：对于初次出现不称职行为的员工，公司可以先给予警告，并要求其限期整改。如果员工在规定期限内未能改正，公司可以进一步采取措施。
   • 解除劳动合同：如果员工的不称职行为严重违反了劳动合同或规章制度，且给公司造成了重大损失，公司可以依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定解除劳动合同。在解除劳动合同时，公司应确保程序合法，如提前通知员工、支付经济补偿等（如果符合法定情形）。
   • 追偿损失：如果员工的不称职行为给公司造成了经济损失，公司可以在解除劳动合同的同时或之后，向员工追偿损失。追偿方式可以包括协商、调解、仲裁或诉讼等。在追偿过程中，公司应提供充分的证据来证明损失的存在和员工的过错。

4. 注意事项：

   • 合法合规：公司在处理员工不称职问题时，应确保所有措施都符合法律法规的规定，避免侵犯员工的合法权益。
   • 程序公正：公司在处理此类问题时，应确保程序公正、透明，避免出现偏袒或歧视的情况。
   • 及时沟通：公司应与员工保持及时沟通，了解其想法和困难，尽量通过协商解决问题，减少法律纠纷的发生。

示例说明： 假设某公司员工因工作疏忽导致公司一笔重要订单丢失，给公司造成了直接经济损失10万元。公司可以首先依据劳动合同和规章制度对该员工进行警告，并要求其限期整改。如果员工未能改正，公司可以进一步收集证据，证明该员工的不称职行为以及给公司造成的损失。在证据充分的情况下，公司可以依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，并向员工追偿损失。如果员工不同意追偿金额或方式，公司可以通过仲裁或诉讼等法律途径来解决纠纷。

后续建议： 如果公司在处理此类问题时遇到困难或不确定如何操作，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据公司的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。