亲子鉴定既可以选择父亲与孩子进行，也可以选择母亲与孩子进行，甚至在某些情况下需要父母双方与孩子一起进行。这主要取决于具体的鉴定需求和情境。以下是对这一问题的详细分析：
一、亲子鉴定的基本类型与需求
司法亲子鉴定：
- 涉及法律纠纷：如离婚案件中的子女抚养权、抚养费问题，或继承纠纷中的继承人身份确认等。
- 通常需要双方同意：为确保公正性和合法性，司法亲子鉴定通常需要父母双方都同意并配合进行。法院会通知双方，在双方都到场的情况下，由专业机构进行鉴定。
- 特殊情况可单方申请：若一方有合理理由怀疑亲子关系，且另一方拒绝配合鉴定，法院可根据具体情况，在一方申请下，推定对拒绝鉴定一方不利的事实。但法院并不会强制进行亲子鉴定，而是依据法律规定和案件具体情况做出判断。
个人亲子鉴定：
- 满足个人知情权：个人亲子鉴定主要满足个人对亲子关系的知情权，不具有法律效力。
- 不需要双方同意：一方可以自行决定是否进行鉴定，无需经过另一方的同意。例如，男方出于好奇心或怀疑，想要了解孩子是否为自己亲生，可以瞒着女方，自行带孩子去鉴定机构进行个人亲子鉴定。
二、亲子鉴定的具体选择
仅父亲与孩子做鉴定：
- 适用情境：孩子出生时未在医院正规渠道记录父亲信息，或出生证明上无父亲信息，但需随父落户的情况，如非婚生育的孩子要随父落户。
- 目的：确认孩子与父亲的生物关系。
仅母亲与孩子做鉴定：
- 适用情境：孩子出生证明上无母亲信息，或无出生证明，而孩子需随母落户时，如家中出生的孩子无相应出生医学证明，后续随母落户可能需要通过亲子鉴定确定母子关系。
- 目的：确认孩子与母亲的生物关系。
父母双方与孩子一起做鉴定：
- 适用情境：出生证明存在信息错误、缺失重要信息等无法直接用于落户时，户籍管理部门可能会要求做父母子三人的亲子鉴定。此外，收养孩子在办理落户时，为证明收养关系的真实性和合法性，也可能需要养父母和孩子一起进行亲子鉴定。
- 目的：全面确认孩子与父母的生物关系，确保户籍信息的准确性和合法性。
三、法律建议与指导
- 明确鉴定目的：在进行亲子鉴定前，应明确鉴定的目的和需求，以便选择合适的鉴定类型和方式。
- 选择正规机构：确保选择的亲子鉴定机构具有合法资质，以保证鉴定结果的准确性和法律效力。
- 准备必要材料：根据实际需求准备相关证件和材料，如出生证明、结婚证、身份证等，以便顺利进行亲子鉴定。
- 遵循自愿原则：无论是司法亲子鉴定还是个人亲子鉴定，都应遵循自愿原则，确保所有参与鉴定的人都了解鉴定的目的和可能的后果。
总结来说，亲子鉴定的选择应根据具体需求和情境来决定。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的指导，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议。