企业违章建筑不会仅以罚款了事，而是会根据违章建筑的性质、规模、影响程度及历史原因等多方面因素进行综合判定，并采取相应的处罚措施。以下是对此问题的详细分析：
一、违章建筑的处罚原则
违章建筑的处罚旨在维护土地资源的合理利用和城乡规划的有序进行。因此，处罚方式并非单一罚款，而是包括责令停止建设、限期改正并罚款、限期拆除、没收实物或违法收入、责令退还非法占用土地、对责任人员处罚以及特殊情况的处理等多种方式。
二、具体处罚措施
责令停止建设与限期改正：
- 对于未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设的违章建筑，相关部门有权责令其立即停止建设。
- 若违章建筑尚可采取改正措施消除对规划的影响，相关部门将责令限期改正，并处以建设工程造价百分之五至百分之十的罚款。
限期拆除与强制执行：
- 对于无法采取改正措施消除影响的违章建筑，将责令限期拆除。
- 逾期未拆除的，县级以上地方人民政府可责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
没收实物或违法收入：
- 对于不能拆除的违章建筑，相关部门可没收实物或违法收入，并可并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 这通常适用于拆除会对公共利益造成重大损失或已投入使用的公共服务设施等。
责令退还非法占用的土地：
- 对于违法占用土地进行建设的违章建筑，县级以上人民政府土地行政主管部门将责令退还非法占用的土地，并要求恢复土地原状。
对责任人员的处罚：
- 对于非法占用土地的单位，其直接负责的主管人员和其他直接责任人员将受到行政处分。
- 构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
信用惩戒：
- 部分地方政府出台的相关规定，如将违章建筑行为纳入信用管理体系。
- 个人或企业存在违章建筑行为且拒不整改或配合处理时，其不良记录将被纳入信用档案，影响其信贷、招投标、资质审核等方面。
三、特殊情况的处理
对于因历史原因形成的违章建筑，处理时需更加谨慎。相关部门将组织多部门认定，并根据认定结果给予相应处理。认定为合法的将给予补偿，认定违法的则不予补偿。这体现了法律既尊重历史又维护规划的原则。
四、法律建议
- 企业应严格遵守相关法律法规：在建设前应确保取得所有必要的许可证和批准文件，避免违章建筑的发生。
- 如已存在违章建筑：企业应积极与相关部门沟通，了解具体的处罚措施和整改要求，并尽快采取行动进行整改或拆除。
- 寻求专业法律帮助：在处理违章建筑问题时，企业可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到最大程度的保护。
综上所述，企业违章建筑不会仅以罚款了事，而是会根据具体情况采取多种处罚措施。因此，企业应严格遵守相关法律法规，避免违章建筑的发生，并在出现问题时积极应对和整改。如有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。