结论前置：违建立案后在期限内完成整改，是否会被罚款需结合具体情况判断，主要取决于地方性法规、整改完成度及行政机关的自由裁量权。以下是具体分析：

1. 地方性法规的直接影响

根据《城乡规划法》第六十四条，对违法建设的处理分为两种情形：

• 可采取改正措施消除影响的：限期改正，处建设工程造价5%-10%的罚款；
  
• 无法采取改正措施的：限期拆除，不能拆除的没收实物或违法收入，可并处建设工程造价10%以下的罚款。
  

关键点：若地方性法规（如省级、市级城乡规划条例）明确规定“整改完成可免除罚款”，则行政机关可能不处罚；但若法规未豁免，或整改后仍存在部分违规（如超面积、影响消防等），仍可能被罚款。

2. 整改完成度的核心作用

• 完全整改：若违建完全恢复原状（如拆除超建部分、补办手续），行政机关可能认定“消除影响”，从而免除或减轻罚款；
  
• 部分整改：若仅整改部分（如未拆除全部违建），行政机关可能认为“未完全消除影响”，仍会处罚，但罚款金额可能低于未整改情形。
  

案例参考：某市曾出台政策，对主动整改且通过验收的违建，罚款比例从10%降至5%；但未通过验收的，仍按10%处罚。

3. 行政机关的自由裁量权

即使法律未明确豁免罚款，行政机关仍可能根据以下因素调整处罚：

• 主观态度：是否主动配合调查、整改；
  
• 社会影响：违建是否引发投诉、安全隐患；
  
• 历史情况：是否为首次违建。
  

建议：整改后应主动联系执法部门，提交整改证明（如照片、验收报告），争取从轻处理。

4. 特殊情形：免罚的例外

部分地区对“轻微违建”出台免罚清单，例如：

• 违建面积小于一定标准（如5平方米）；
  
• 用于居住且无安全隐患；
  
• 首次违建且承诺不再犯。
  

需核实：当地是否出台此类政策，可通过政府官网或执法部门查询。

总结：违建立案后整改是否罚款无统一答案，需结合地方规定、整改效果及行政机关判断。若您面临此类问题，可直接向我提供违建地点、面积、整改情况等细节，我将进一步分析法律风险及应对策略。