起诉书中查明的两起犯罪事实的依据，主要来源于侦查阶段收集的各类证据材料，这些证据材料经过审查后，被认为能够证明犯罪事实的存在。具体来说，可以从以下几个角度来详细阐述：

1. 证据的种类与来源：

   • 物证：如犯罪工具、赃款赃物等，这些直接与犯罪行为相关的物品，能够直观地证明犯罪事实。例如，在一起盗窃案中，被盗的财物就是证明犯罪事实的重要物证。
   • 书证：如合同、账目、信件等，这些书面材料能够记录犯罪行为的过程或结果，为证明犯罪事实提供文字依据。比如，在一起诈骗案中，虚假的合同或转账记录就是关键的书证。
   • 证人证言：目击者或了解案件情况的人提供的证言，能够补充物证和书证的不足，形成完整的证据链。例如，在一起故意伤害案中，目击者的证言对于证明犯罪行为的发生和过程至关重要。
   • 被害人陈述：被害人对犯罪行为的描述，是证明犯罪事实的重要直接证据。被害人的陈述往往能够详细反映犯罪行为的具体情节和后果。
   • 犯罪嫌疑人、被告人的供述和辩解：虽然犯罪嫌疑人、被告人的供述和辩解可能存在不实之处，但经过审查后，其真实部分也可以作为证明犯罪事实的依据。同时，其辩解也是审查案件事实、判断证据真实性的重要参考。
   • 鉴定意见：如法医鉴定、物证鉴定等，这些专业机构出具的鉴定意见，能够为证明犯罪事实提供科学依据。例如，在一起杀人案中，法医的鉴定意见对于确定死因和犯罪手段具有关键作用。
   • 勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录：这些笔录记录了侦查人员对案件现场、物品、人身等进行勘验、检查、辨认、侦查实验的过程和结果，能够为证明犯罪事实提供现场依据。
   • 视听资料、电子数据：如监控录像、手机通话记录、电子邮件等，这些现代科技手段记录的信息，能够直观地反映犯罪行为的发生和过程，为证明犯罪事实提供有力支持。

2. 证据的审查与认定：

   • 在起诉书中查明的犯罪事实，并非所有收集到的证据都能直接作为依据。而是需要经过严格的审查与认定，确保证据的真实性、合法性和关联性。只有经过审查后认为确实、充分的证据，才能被采纳为证明犯罪事实的依据。
   • 审查证据时，会综合考虑各种证据之间的相互印证关系，形成完整的证据链。如果证据之间存在矛盾或无法相互印证的情况，那么这些证据就不能被单独作为证明犯罪事实的依据。

3. 法律依据与程序要求：

   • 起诉书中查明的犯罪事实及其依据，必须符合法律法规的规定和程序要求。例如，证据的收集必须合法，不能通过非法手段获取；证据的审查必须客观公正，不能偏袒任何一方。
   • 在起诉过程中，检察机关会严格遵循法定程序，确保起诉书中查明的犯罪事实及其依据的合法性和有效性。如果发现证据存在问题或程序不合规的情况，检察机关会及时进行补充侦查或纠正错误。

总结来说，起诉书中查明的两起犯罪事实的依据，是侦查阶段收集并经过严格审查与认定的各类证据材料。这些证据材料必须真实、合法、关联，且能够形成完整的证据链，才能被采纳为证明犯罪事实的依据。如果你对具体的案件或证据材料有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。