档案通过三方协议保存，一般情况下不会影响退休。不过，具体是否影响退休，还需根据档案保存的具体情况以及退休的相关规定来综合判断。以下从几个方面进行详细分析：
一、档案保存与退休的关系
档案是记录个人学习、工作经历、政治面貌等重要信息的文件，对于退休来说，档案中的工龄、社保缴纳记录等信息是计算退休金、确定退休资格的重要依据。然而，档案通过三方协议保存，并不意味着这些信息会丢失或无法被认可。只要档案保存完整、真实，且符合相关规定，就不会影响退休。
二、可能影响退休的档案情况
档案丢失或损坏：
- 如果档案在保存过程中丢失或损坏，导致无法提供完整的工龄、社保缴纳记录等信息，那么可能会影响退休金的计算和退休资格的确定。
- 在这种情况下，需要尽快补办或修复档案，以确保退休手续的顺利进行。
档案内容不真实或存在争议：
- 如果档案中的信息不真实或存在争议，比如工龄计算错误、社保缴纳记录不符等，那么可能会影响退休金的计算和退休资格的审核。
- 在这种情况下，需要提供相关证据来证明档案信息的真实性或解决争议，以确保退休手续的合法性和准确性。
档案保存单位不具备资质：
- 如果档案保存单位不具备相应的资质或违反了档案保存的相关规定，那么可能会导致档案无效或无法被认可。
- 在这种情况下，需要选择具备资质的档案保存单位进行档案转移或重新保存，以确保档案的合法性和有效性。
三、建议与措施
定期查询档案状态：
- 建议定期查询档案的保存状态，确保档案完整、真实且符合相关规定。
- 如果发现档案有问题，应及时与档案保存单位沟通并寻求解决方案。
保留相关证据：
- 在工作过程中，应保留好与工龄、社保缴纳等相关的证据材料，如工作合同、工资单、社保缴纳记录等。
- 这些证据材料在退休时可以作为辅助证明，确保退休手续的顺利进行。
咨询相关部门或专业人士：
- 如果对档案保存或退休手续有疑问，可以咨询当地的人社部门或专业律师，以获取更准确的信息和专业的建议。
总结来说，档案通过三方协议保存本身并不会影响退休，但需要注意档案的保存状态、内容真实性和保存单位的资质等问题。如果有任何疑问或问题，建议及时咨询相关部门或专业人士，以确保退休手续的顺利进行。如果你还有其他关于劳动工伤或退休方面的问题，也可以直接向我咨询。