结论：征收土地只向村委会支付了部分土地补偿费，并且村民都同意了，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从合法与可能存在问题的两种情形进行分析：
合法情形
补偿款分类支付与村民同意：
- 根据《土地管理法实施条例》等相关法律规定，土地补偿费通常归农村集体经济组织所有，而地上附着物及青苗补偿费则归其所有者所有。安置补助费也需专款专用，用于安置被征地农民。
- 如果征收方仅将属于农村集体经济组织的土地补偿费支付给村委会，并且这部分费用的支付已经得到了村民的同意（例如通过村民会议或村民代表会议的形式），同时其他应支付给村民个人的补偿款（如地上附着物及青苗补偿费、安置补助费等）也已足额支付，那么这一行为是合法的。
村委会的合法角色与透明操作：
- 村委会作为农村集体经济组织的代表或管理机构，在征收过程中可以接收并管理属于集体所有的土地补偿费。
- 关键在于村委会必须按照法定程序和村民意愿进行分配，确保资金使用的透明度和合法性。如果村委会能够做到这一点，并且村民对分配方案表示满意，那么支付部分土地补偿费给村委会的行为就是合法的。
可能存在问题情形
缺乏明确分配方案或程序瑕疵：
- 如果村委会未制定合理、公正、透明的分配方案，或者未经法定民主程序（如村民会议讨论）就擅自决定补偿款的用途和分配方式，即使村民表面上同意了，也可能因为程序瑕疵或分配不公而导致行为不合法。
- 此外，如果村委会在接收补偿款后未及时、足额地分配给村民，或者存在截留、挪用等违法行为，那么这一行为显然是不合法的。
村民同意的真实性与有效性：
- 村民的同意必须是真实、自愿的，并且是在充分了解征收补偿政策和分配方案的基础上做出的。如果村民是在被欺骗、胁迫或者不了解真实情况的情况下表示同意，那么这种同意是无效的。
- 另外，如果村民会议或村民代表会议的召开程序不符合法律规定（如未提前通知、未达到法定人数等），那么即使会议通过了支付部分土地补偿费给村委会的决议，该决议也可能因为程序违法而无效。
保障措施与建议
加强政府监管：
- 政府相关部门应加强对征地补偿款发放和使用的监管力度，确保补偿款按照法定程序和分配方案及时、足额地支付给村民和农村集体经济组织。
村民积极监督与参与：
- 村民应积极行使监督权，关注补偿款的发放和使用情况。如发现问题，应及时向乡镇人民政府、街道办事处或县级人民政府及其有关部门反映，要求查处违法行为并维护自身权益。
- 同时，村民应积极参与村民会议或村民代表会议，对征收补偿政策和分配方案发表意见和建议，确保自己的合法权益得到充分保障。
法律途径维权：
- 如果村民认为村委会的行为侵犯了自己的合法权益，可以依法向人民法院提起诉讼或申请行政复议。通过法律途径维护自己的合法权益是每位公民的基本权利。
总结：征收土地只向村委会支付了部分土地补偿费，并且村民都同意了，这一行为是否合法取决于多种因素，包括补偿款的分类支付、村委会的角色与操作、村民同意的真实性与有效性等。如果各方面都符合法律规定和程序要求，那么这一行为是合法的；否则，就可能存在问题并需要采取相应的保障措施和建议来维护村民的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。