结论前置：车辆即使已经做了抵押，法院在某些情况下仍然有权对其进行查封。法院的查封行为主要基于法律判决、裁定或保全需要，与车辆的抵押状态无直接关系。下面我将从多个角度为您详细分析：
抵押与查封的法律基础及区别
抵押：抵押是一种担保方式，通过限制抵押物的处分权来确保债权人在债务人不履行债务时能够优先受偿。抵押并不影响抵押物的所有权归属，也不排斥其他司法机关对抵押物采取司法措施。
查封：查封是法院在执行程序中采取的一种强制性措施，旨在限制被执行人对财产的处分，以确保后续执行工作的顺利进行。查封的目的是防止财产转移、隐匿或处分，从而保障申请执行人的权益。
法院查封已抵押车辆的常见情形
抵押人涉及其他债务纠纷：若抵押人除与抵押权人间的债务外，还涉及其他债务纠纷，并在其他案件中被起诉至法院且未履行生效法律文书确定的义务，法院为保障其他债权人的权益，有权对抵押车辆进行查封。
抵押权实现过程中存在争议：在实现抵押权的过程中，若出现抵押合同效力、抵押物价值评估、优先受偿范围等争议，法院可能会根据具体情况对抵押车辆进行查封，以防止抵押物被擅自处分，保护各方合法权益。
案件保全需要：如果车主涉及某起案件，且法院认为有必要对车辆采取保全措施，以防止财产转移或损失，无论车辆是否已抵押，法院均有权进行查封。
查封对抵押权的影响
法院查封抵押车辆一般不会影响抵押权人的优先受偿权。在处置查封的抵押车辆时，抵押权人仍可按法律规定和抵押合同约定，在抵押物变现后的价款中优先受偿。但具体的受偿顺序和范围可能受其他因素（如是否存在其他担保物权、法定优先权等）影响。
实际操作中的注意事项
配合法院处理：一旦车辆被法院查封，其使用权和处分权将受到限制。车主应积极配合法院处理相关事宜，并遵守相关法律程序。
了解查封原因：车主有权了解车辆被查封的具体原因，以便针对性地采取措施。
维护自身权益：如果车主认为查封行为存在错误或不当，可以通过法律途径维护自身权益，如提出执行异议等。
总结与建议：车辆是否已被抵押并不构成法院对其采取查封措施的障碍。在实际操作中，车主应了解查封的法律基础和可能的原因，积极配合法院处理相关事宜，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。