若双方已就土地侵占问题达成和解，并希望签署协议以明确权利义务，核心结论是：协议需确保内容合法、条款明确、双方自愿签署，并建议由专业律师协助起草或审核。以下是具体说明：

1. 协议内容合法性
   协议内容必须符合《民法典》《土地管理法》等相关法律法规。例如，若侵占的土地属于集体所有或国家所有，双方无权通过协议擅自处分土地使用权；若土地为个人合法所有，协议需明确土地权属证明（如宅基地证、土地承包经营权证等），避免因权属不清导致协议无效。

2. 关键条款设计

   • 土地边界与面积：需明确被侵占土地的具体位置、四至范围（如东至XX、西至XX）、面积（需与权属证明一致），可附土地平面图并由双方签字确认。
     
   • 侵占事实认定：需客观描述侵占行为（如“乙方自XX年XX月起在甲方土地上搭建围墙/种植作物”），避免主观评价。
     
   • 解决方案：明确归还土地的时间、方式（如拆除建筑物、移除作物），若涉及补偿，需写明补偿金额、支付方式及时间。
     
   • 违约责任：约定若一方未履行协议（如未按时归还土地），需承担的违约责任（如支付违约金、赔偿损失）。
     
   • 争议解决：约定纠纷解决方式（如协商、诉讼或仲裁），建议优先选择诉讼，因仲裁需双方事先约定且费用较高。

3. 签署与生效要件

   • 双方身份证明：需核对身份证、户口本等原件，并留存复印件。
     
   • 自愿签署：协议需双方自愿签署，避免胁迫、欺诈等情形，否则可申请撤销。
     
   • 见证或公证：建议邀请村委会、居委会或第三方见证人签字，或对协议进行公证，增强证据效力。
     
   • 生效条件：可约定协议自双方签字（或公证）之日起生效，或附条件生效（如乙方归还土地后协议生效）。

4. 风险提示

   • 若土地权属存在争议（如涉及继承、分家等），需先通过法律程序确认权属，再签署协议。
     
   • 若侵占行为涉及行政处罚（如非法占用耕地），需先配合行政部门处理，再协商民事赔偿。
     
   • 协议签署后，建议到土地管理部门备案（如宅基地需到乡镇国土所备案），避免后续纠纷。

建议：协议起草涉及法律专业术语和权利义务设计，建议由律师根据具体情况起草或审核，确保协议合法有效。若需进一步协助，可直接向我咨询具体条款或提供协议初稿审核。